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- PDB-1qc9: THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE ECO RI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qc9
タイトルTHE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE ECO RI AT 3.3 A IN THE ABSENSE OF DNA
要素PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)
キーワードENDONUCLEASE / PROTEIN / RESTRICTION ENDONUCLEASE / APOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRI / Restriction endonuclease, type II, EcoRI, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRI / ECO RI Endonuclease; Chain A / Eco RI Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, EcoRI/MunI / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II restriction enzyme EcoRI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chandrasekhar, K. / Horvath, M.M. / Samudzi, C. / Choi, J. / Rosenberg, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 3.3 A Crystallographic Structure of Restriction Endonuclease Eco RI in the Absence of DNA
著者: Chandrasekhar, K. / Horvath, M.M. / Samudzi, C. / Choi, J. / Rosenberg, J.M.
履歴
登録1999年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42017年2月8日Group: Derived calculations
改定 1.52017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)
B: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)
C: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9113
ポリマ－92,9113
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)

A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9402
ポリマ－61,9402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
2
B: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)

C: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9402
ポリマ－61,9402
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.680, 127.350, 49.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE)


分子量: 30970.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00642, type II site-specific deoxyribonuclease

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→100 Å / Num. all: 24225 / Num. obs: 17576 / % possible obs: 72.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 25.89 Å2 / Net I/σ(I): 20.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MERLOT位相決定
X-PLOR3.1精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 3 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数
Rfree0.295 1609
Rwork0.251 -
all-26179
obs-14570
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5979 0 0 0 5979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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