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- PDB-1qc8: NMR STRUCTURE OF TAU EXON 10 SPLICING REGULATORY ELEMENT RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qc8
タイトルNMR STRUCTURE OF TAU EXON 10 SPLICING REGULATORY ELEMENT RNA
要素TAU EXON 10 SPLICING REGULATORY ELEMENT RNA
キーワードRNA / ALTERNATIVE MRNA SPLICING / FRONTOTEMPORAL DEMENTIA FTDP-17 / INTRONIC MUTATIONS / STEM-LOOP RNA STRUCTURE / TAU GENE EXON 10
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / COMPLETELY RANDOM STARTING COORDINATES X-PLOR BASED SIMULATED ANNEALING PROTOCOL
データ登録者Varani, L. / Spillantini, M.G. / Klug, A. / Goedert, M. / Varani, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structure of tau exon 10 splicing regulatory element RNA and destabilization by mutations of frontotemporal dementia and parkinsonism linked to chromosome 17.
著者: Varani, L. / Hasegawa, M. / Spillantini, M.G. / Smith, M.J. / Murrell, J.R. / Ghetti, B. / Klug, A. / Goedert, M. / Varani, G.
履歴
登録1999年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAU EXON 10 SPLICING REGULATORY ELEMENT RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9911
ポリマ－7,9911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)29 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 TAU EXON 10 SPLICING REGULATORY ELEMENT RNA


分子量: 7990.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HUMANS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 13C-SEPARATED NOESY
131DQF-COSY
1412D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11MM RNA, 10MM NAPHOSPHATE BUFFER PH 6
21MM RNA, U 15N,13C, 10MM NAPHOSPHATE BUFFER PH 6
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
110mM NAPHOSPHATE BUFFER PH 6 6300 K
210mM NAPHOSPHATE BUFFER PH 6 6300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
UXNMRcollection
Felix2.1解析
Felix97データ解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: COMPLETELY RANDOM STARTING COORDINATES X-PLOR BASED SIMULATED ANNEALING PROTOCOL
ソフトェア番号: 1
詳細: NOE DISTANCE CONSTRAINTS: 564, INTRARESIDUE: 331, SEQUENTIAL: 181, LONG AND MEDIUM RANGE: 52, HYDROGEN BONDING AND PLANARITY CONSTRAINTS: 90, DIHEDRAL CONSTRAINTS: 124, TOTAL EXPERIMENTAL ...詳細: NOE DISTANCE CONSTRAINTS: 564, INTRARESIDUE: 331, SEQUENTIAL: 181, LONG AND MEDIUM RANGE: 52, HYDROGEN BONDING AND PLANARITY CONSTRAINTS: 90, DIHEDRAL CONSTRAINTS: 124, TOTAL EXPERIMENTAL CONSTRAINTS: 778, AVERAGE NUMBER PER NUCLEOTIDE: 31.1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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