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万見
- PDB-1qb0: HUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qb0
タイトルHUMAN CDC25B CATALYTIC DOMAIN
要素PROTEIN (M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 2 (CDC25B))
キーワードHYDROLASE / CELL CYCLE PHOSPHATASE / DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE / CDC25 / CDC25B
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / female meiosis I / oocyte maturation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of cytokinesis / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / female meiosis I / oocyte maturation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of cytokinesis / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / positive regulation of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / spindle pole / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / protein phosphorylation / cell division / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / protein kinase binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / M-phase inducer phosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Watenpaugh, K.D. / Reynolds, R.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the catalytic subunit of Cdc25B required for G2/M phase transition of the cell cycle.
著者: Reynolds, R.A. / Yem, A.W. / Wolfe, C.L. / Deibel Jr., M.R. / Chidester, C.G. / Watenpaugh, K.D.
履歴
登録1999年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.42018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 2 (CDC25B))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2916
ポリマ－24,9071
非ポリマー3845
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.169, 71.097, 73.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (M-PHASE INDUCER PHOSPHATASE 2 (CDC25B))


分子量: 24907.461 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CDC25B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P30305, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ML IN 50 MM TRISHCL, 1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 4 MICROLITERS PROTEIN (10 MG/ML IN 50 MM TRISHCL, 1% BME AT PH 9.0) MIXED WITH 4 MICROLITERS WELL BUFFER (1.8 (NH4)2SO4, 0.5 M NACL, 0.1 M TRISHCL, 0.25 BME) AT 4 DEG. C, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 4.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
31 %(v/v)beta-mercaptoethanol1drop
41.8 Mammonium sulfate1reservoir
50.5 M1reservoirNaCl
60.1 MTris-HCl1reservoir
70.25 %BME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→20 Å / Num. all: 21239 / Num. obs: 21239 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 55.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 76415
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XTAL3.0モデル構築
SHELXL-97精密化
SADIEデータ削減
SAINTデータスケーリング
XTALV. 3.0位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.91→10 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 4 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
all0.1432 19822 -
obs0.1348 18194 95.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 16 379 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.2
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 4 / Num. reflection Rfree: 909 / Rfactor Rfree: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.135
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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