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- PDB-1qah: CRYSTAL STRUCTURE OF PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN-A TRANSLATIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qah
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN-A TRANSLATIONAL INHIBITOR
要素PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN
キーワードALPHA-BETA STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / : / deaminase activity / response to salt / ion binding / G1 to G0 transition / response to lipid / long-chain fatty acid binding ...Threonine catabolism / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / 2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase / : / deaminase activity / response to salt / ion binding / G1 to G0 transition / response to lipid / long-chain fatty acid binding / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / transition metal ion binding / kidney development / lung development / brain development / peroxisome / negative regulation of epithelial cell proliferation / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-iminobutanoate/2-iminopropanoate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Djinovic Carugo, K. / Oka, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Perchloric Acid Soluble Protein-a Translational Inhibitor
著者: Djinovic Carugo, K. / Oka, T.
履歴
登録1999年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年7月28日Group: Refinement description / カテゴリ: refine
Item: _refine.details / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN
B: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3682
ポリマ－28,3682
非ポリマー00
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN

B: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN

B: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5533
ポリマ－42,5533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
Buried area6680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA, PQS
3
A: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN

A: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN

A: PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5533
ポリマ－42,5533
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area6600 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.743, 89.743, 89.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

21A-323-

HOH

31A-324-

HOH

41A-325-

HOH

51A-327-

HOH

61B-311-

HOH

71B-312-

HOH

81B-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PERCHLORIC ACID SOLUBLE PROTEIN


分子量: 14184.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: LIVER, KIDNEY / 参照: UniProt: P52759
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, PH 4.5, 293K, PEG 8000, SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9183
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→63.2 Å / Num. all: 22619 / Num. obs: 22619 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.34 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 34.14
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
WARPモデル構築
REFMAC精密化
ARP/wARPモデル構築
精密化解像度: 1.8→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27614 1134 -RANDOM
Rwork0.19054 ---
all-22116 --
obs-22116 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1946 0 0 379 2325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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