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- PDB-1qa9: Structure of a Heterophilic Adhesion Complex Between the Human CD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qa9
タイトルStructure of a Heterophilic Adhesion Complex Between the Human CD2 and CD58(LFA-3) Counter-Receptors
要素
  • HUMAN CD2 PROTEIN
  • HUMAN CD58 PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / CELL ADHESION / IG-LIKE DOMAIN / CD2 / CD58
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid dendritic cell activation / membrane raft polarization / natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of T cell differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / ficolin-1-rich granule membrane / T cell activation / secretory granule membrane / positive regulation of interleukin-8 production ...positive regulation of myeloid dendritic cell activation / membrane raft polarization / natural killer cell activation / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of T cell differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / ficolin-1-rich granule membrane / T cell activation / secretory granule membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to type II interferon / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to tumor necrosis factor / cell-cell junction / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / Golgi apparatus / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface antigen CD2 / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...T-cell surface antigen CD2 / : / Immunoglobulin C2-set / Immunoglobulin C2-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface antigen CD2 / Lymphocyte function-associated antigen 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, J.-H. / Smolyar, A. / Tan, K. / Liu, J.-H. / Kim, M. / Sun, Z.J. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Structure of a heterophilic adhesion complex between the human CD2 and CD58 (LFA-3) counterreceptors.
著者: Wang, J.H. / Smolyar, A. / Tan, K. / Liu, J.H. / Kim, M. / Sun, Z.Y. / Wagner, G. / Reinherz, E.L.
#1: ジャーナル: To be Published / 年: 1999
タイトル: Design and NMR Studies of a Functional Glycan-Free Adhesion Domain of the Human Cell Surface Receptor CD58
著者: Sun, Z.-Y.J. / Dotsch, V. / Kim, M. / Li, J. / Reinherz, E.L. / Wagner, G.
履歴
登録1999年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN CD2 PROTEIN
B: HUMAN CD58 PROTEIN
C: HUMAN CD2 PROTEIN
D: HUMAN CD58 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0424
ポリマ－46,0424
非ポリマー00
水00
1
A: HUMAN CD2 PROTEIN
B: HUMAN CD58 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0212
ポリマ－23,0212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HUMAN CD2 PROTEIN
D: HUMAN CD58 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0212
ポリマ－23,0212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.820, 33.470, 108.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.76, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is each of the individual molecules

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要素

#1: タンパク質 HUMAN CD2 PROTEIN


分子量: 12017.655 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ADHESION DOMAIN OF CD2 / 変異: K61E, F63L, T67A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06729*PLUS
#2: タンパク質 HUMAN CD58 PROTEIN


分子量: 11003.180 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL ADHESION DOMAIN OF CD58 / 変異: F1S, V9K, V21Q, V58K, T85S, L93G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19256*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, (NH4)2SO4, NaCl, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1drop
32 %PEG4001reservoir
42 Mammonium sulfate1reservoir
51 M1reservoirNaCl
60.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→18 Å / Num. all: 9453 / Num. obs: 8196 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 8196 / % possible all: 87.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 41649
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3.2→18 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 778 -
Rwork0.223 --
all-7780 -
obs-7486 96.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3244 0 0 0 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.102
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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