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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qa4 | ||||||
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タイトル | HIV-1 NEF ANCHOR DOMAIN, NMR, 2 STRUCTURES | ||||||
![]() | Protein Nef | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HIV / AIDS / REGULATORY FACTOR / NEGATIVE FACTOR / NEF / MYRISTOYLATION / MYRISTYLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / suppression by virus of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane ...perturbation by virus of host immune response / negative regulation of CD4 production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / suppression by virus of host autophagy / CD4 receptor binding / thioesterase binding / MHC class I protein binding / host cell Golgi membrane / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / SH3 domain binding / virion component / ATPase binding / signaling receptor binding / GTP binding / protein kinase binding / apoptotic process / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING | ||||||
![]() | Geyer, M. / Kalbitzer, H.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the anchor-domain of myristoylated and non-myristoylated HIV-1 Nef protein. 著者: Geyer, M. / Munte, C.E. / Schorr, J. / Kellner, R. / Kalbitzer, H.R. #1: ![]() タイトル: Refined solution structure and backbone dynamics of HIV-1 Nef. 著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Tjandra, N. / Wingfield, P.T. #2: ![]() タイトル: Solution structure of a polypeptide from the N terminus of the HIV protein Nef. 著者: Barnham, K.J. / Monks, S.A. / Hinds, M.G. / Azad, A.A. / Norton, R.S. #3: ![]() タイトル: The crystal structure of HIV-1 Nef protein bound to the Fyn kinase SH3 domain suggests a role for this complex in altered T cell receptor signaling. 著者: Arold, S. / Franken, P. / Strub, M.P. / Hoh, F. / Benichou, S. / Benarous, R. / Dumas, C. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of the conserved core of HIV-1 Nef complexed with a Src family SH3 domain. 著者: Lee, C.H. / Saksela, K. / Mirza, U.A. / Chait, B.T. / Kuriyan, J. #5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: The solution structure of HIV-1 Nef reveals an unexpected fold and permits delineation of the binding surface for the SH3 domain of Hck tyrosine protein kinase. 著者: Grzesiek, S. / Bax, A. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / Hu, J.S. / Kaufman, J. / Palmer, I. / Stahl, S.J. / Wingfield, P.T. #6: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1994 タイトル: A possible regulation of negative factor (Nef) activity of human immunodeficiency virus type 1 by the viral protease. 著者: Freund, J. / Kellner, R. / Konvalinka, J. / Wolber, V. / Krausslich, H.G. / Kalbitzer, H.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 42.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5817.458 Da / 分子数: 1 / 断片: ANCHOR DOMAIN, residues 2-57 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P04324 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 1H |
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試料調製
試料状態 | pH: 7.1 / 温度: 285.0 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED WITH X-PLOR, V. 3.851 (BRUNGER, 1992) USING A DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING PROTOCOL (NILGES ET AL., FEBS LETT. 229, 317 (1988)). | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: TWO STRUCTURES WITH LOW TOTAL ENERGY WERE SELECTED SHOWING THE CONFORMATIONAL VARIETY OF THE FLEXIBLE DOMAIN 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 2 |