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- PDB-1q9x: Crystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9x
タイトルCrystal structure of Enterobacteria phage RB69 gp43 DNA polymerase complexed with tetrahydrofuran containing DNA
要素
  • 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
  • 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
  • DNA polymerase
キーワードTransferase / replication/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / replication-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair, gap-filling / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase ...DnaQ-like 3'-5' exonuclease / Monooxygenase - #300 / Ribonuclease H-like motif / DNA-directed DNA polymerase T4 type / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / Monooxygenase / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Freisinger, E. / Grollman, A.P. / Miller, H. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
著者: Freisinger, E. / Grollman, A.P. / Miller, H. / Kisker, C.
履歴
登録2003年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
I: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
F: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
J: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
G: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
K: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
H: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
L: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
A: DNA polymerase
B: DNA polymerase
C: DNA polymerase
D: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)461,11934
ポリマ－456,75712
非ポリマー4,36122
水9,638535
1
E: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
I: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
A: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,7597
ポリマ－114,1893
非ポリマー5694
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
J: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
B: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1068
ポリマ－114,1893
非ポリマー9175
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
K: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
C: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,80010
ポリマ－114,1893
非ポリマー1,6117
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
L: 5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'
D: DNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4539
ポリマ－114,1893
非ポリマー1,2646
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.948, 122.237, 165.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D
12E
22F
32G
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNPROPRO5AI10 - 50610 - 506
211GLNGLNPROPRO5BJ10 - 50610 - 506
311GLNGLNPROPRO5CK10 - 50610 - 506
411GLNGLNPROPRO5DL10 - 50610 - 506
521LEULEUGLNGLN5AI508 - 754508 - 754
621LEULEUGLNGLN5BJ508 - 754508 - 754
721LEULEUGLNGLN5CK508 - 754508 - 754
821LEULEUGLNGLN5DL508 - 754508 - 754
931GLYGLYLEULEU5AI756 - 835756 - 835
1031GLYGLYLEULEU5BJ756 - 835756 - 835
1131GLYGLYLEULEU5CK756 - 835756 - 835
1231GLYGLYLEULEU5DL756 - 835756 - 835
1341PHEPHELEULEU5AI841 - 880841 - 880
1441PHEPHELEULEU5BJ841 - 880841 - 880
1541PHEPHELEULEU5CK841 - 880841 - 880
1641PHEPHELEULEU5DL841 - 880841 - 880
112DADADGDG4EA910 - 9281 - 18
212DADADGDG4FC910 - 9281 - 18
312DADADGDG4GE910 - 9281 - 18
412DADADGDG4HG910 - 9281 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 EFGHIJKL

#1: DNA鎖
5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'


分子量: 5566.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖
5'-AC(tetrahydrofuran)GGTAAGCAGTCCGCGG-3'


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質
DNA polymerase / 2.7.7.7 / Gp43


分子量: 104655.141 Da / 分子数: 4 / Mutation: D222A, D327A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ)
属: T4-like viruses / 遺伝子: 43 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 557分子

#4: 化合物
ChemComp-3DR / 1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE / ABASIC DIDEOXYRIBOSE / 1,2-ジデオキシ-β-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 198.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O6P
#5: 化合物
ChemComp-DOC / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 291.198 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O6P
#6: 化合物
ChemComp-DGP / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: PEG 350MME, Calcium chloride, Tris-HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 35011
2Calcium chloride11
3Tris-HCl11
4H2O11
5PEG 35012
6Calcium chloride12
7Tris-HCl12
8H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→47 Å / Num. obs: 137338 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.434 / % possible all: 73.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CLQ

1clq


解像度: 2.69→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 15.63 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2879 6841 5 %RANDOM
Rwork0.21512 ---
obs0.21879 130465 94.7 %-
all-142376 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.067 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.45 Å20 Å20.02 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29460 2532 229 535 32756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02233266
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5352.06145518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50953608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.24707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0224496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.215733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.21350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4171.518027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.819229212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.456315239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2954.516306
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3456medium positional0.550.5
12B3456medium positional0.480.5
13C3456medium positional0.460.5
14D3456medium positional0.470.5
21E662medium positional0.930.5
22F662medium positional0.580.5
23G662medium positional0.620.5
24H662medium positional0.650.5
11A3595loose positional0.945
12B3595loose positional0.755
13C3595loose positional0.735
14D3595loose positional0.715
11A3456medium thermal0.532
12B3456medium thermal0.512
13C3456medium thermal0.542
14D3456medium thermal0.492
21E662medium thermal0.832
22F662medium thermal1.032
23G662medium thermal0.842
24H662medium thermal1.132
11A3595loose thermal1.8310
12B3595loose thermal1.6410
13C3595loose thermal1.7610
14D3595loose thermal1.5410
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.756 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.448 356
Rwork0.341 6989
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9171-2.3920.23945.9078-2.06351.80540.12990.8527-0.149-0.40160.10670.4741-0.1248-0.2185-0.23660.229-0.012-0.1380.63090.05170.23953.091169.5005138.6228
27.7025-0.69152.13084.7259-1.94263.90230.1839-0.1947-0.84370.4520.09510.6039-0.0065-0.1677-0.27890.1242-0.0070.04760.124-0.01990.313769.28847.8102159.8904
31.3050.2801-0.04992.8707-2.77682.3087-0.14190.38510.06270.20930.04380.20630.0375-0.34670.09820.366-0.0612-0.01070.5509-0.09460.215121.212957.284161.003
47.29750.941-0.48946.19-2.7615.3857-0.11370.7808-1.0536-0.3235-0.1851-0.31830.9806-0.13540.29880.38450.0308-0.05120.57280.02510.527738.105959.5393147.3039
517.9056-4.184-5.267461.697628.20639.38180.59310.50660.069-0.4142-0.0437-1.85221.2767-0.7206-0.54950.8433-0.03-0.01010.89760.09270.982742.947731.6804134.6144
64.97290.8465-0.64531.2077-1.09462.36640.056-0.73650.22870.3914-0.0427-0.656-0.34480.9171-0.01330.3956-0.11670.01110.8228-0.32430.667246.991148.0241187.1131
74.0168-2.3301-0.62643.6093-0.5082.1388-0.02120.4895-0.1031-0.11920.00260.21260.10770.03960.01860.1131-0.0365-0.00060.2493-0.01070.01166.457314.413319.0446
85.19630.58120.63013.9057-1.81654.37650.0522-0.5844-0.22250.9742-0.3126-0.2658-0.15470.68780.26040.40710.0416-0.07310.57520.08080.105827.0015-0.585642.1595
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224.9365-0.30435.06866.5698-0.17437.85520.63010.0203-0.3043-0.03930.07580.39960.7208-0.2649-0.70590.243-0.07220.00460.1080.06270.19238.097663.590164.9746
235.05081.63142.247817.777.36523.26990.04850.7151-0.6626-0.927-0.31430.54520.072-0.39150.26580.8722-0.1225-0.23780.4644-0.00160.484532.067236.787650.6783
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25-0.5527-1.7429-1.97373.61295.713314.23240.48030.10620.33540.22390.4248-0.4064-0.70150.2858-0.90510.7836-0.10580.07940.9891-0.22580.525238.593267.1298183.6989
262.1767-1.67082.35544.42310.732410.0273-0.2967-0.53130.5091.2646-0.0516-0.3225-1.0266-0.34870.34830.7217-0.034-0.05250.3029-0.07450.3658-6.549312.477764.7385
271.3972-1.3333.61722.70692.2436.9096-0.0875-0.1880.18940.38060.3594-0.2889-0.72660.3711-0.27180.3737-0.0961-0.04620.3716-0.1080.2074115.608132.5341145.5365
282.9138-1.19815.52132.6711.327212.15-0.1404-0.4280.19180.46690.4269-0.3956-1.02140.5141-0.28650.5988-0.1137-0.06330.4635-0.12410.247148.606967.442399.9806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AI1 - 1111 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1AI343 - 385343 - 385
3X-RAY DIFFRACTION2AI112 - 342112 - 342
4X-RAY DIFFRACTION3AI386 - 471386 - 471
5X-RAY DIFFRACTION3AI576 - 732576 - 732
6X-RAY DIFFRACTION1AI1 - 1111 - 111
7X-RAY DIFFRACTION1AI343 - 385343 - 385
8X-RAY DIFFRACTION2AI112 - 342112 - 342
9X-RAY DIFFRACTION3AI386 - 471386 - 471
10X-RAY DIFFRACTION3AI576 - 732576 - 732
11X-RAY DIFFRACTION4AI472 - 487472 - 487
12X-RAY DIFFRACTION4AI556 - 575556 - 575
13X-RAY DIFFRACTION5AI488 - 555488 - 555
14X-RAY DIFFRACTION6AI733 - 903733 - 903
15X-RAY DIFFRACTION7BJ1 - 1111 - 111
16X-RAY DIFFRACTION7BJ343 - 385343 - 385
17X-RAY DIFFRACTION8BJ112 - 342112 - 342
18X-RAY DIFFRACTION9BJ386 - 471386 - 471
19X-RAY DIFFRACTION9BJ576 - 732576 - 732
20X-RAY DIFFRACTION10BJ472 - 487472 - 487
21X-RAY DIFFRACTION10BJ556 - 575556 - 575
22X-RAY DIFFRACTION11BJ488 - 555488 - 555
23X-RAY DIFFRACTION12BJ733 - 903733 - 903
24X-RAY DIFFRACTION13CK1 - 1111 - 111
25X-RAY DIFFRACTION13CK343 - 385343 - 385
26X-RAY DIFFRACTION14CK112 - 342112 - 342
27X-RAY DIFFRACTION15CK386 - 471386 - 471
28X-RAY DIFFRACTION15CK576 - 732576 - 732
29X-RAY DIFFRACTION16CK472 - 487472 - 487
30X-RAY DIFFRACTION16CK556 - 575556 - 575
31X-RAY DIFFRACTION17CK488 - 555488 - 555
32X-RAY DIFFRACTION18CK733 - 903733 - 903
33X-RAY DIFFRACTION19DL1 - 1111 - 111
34X-RAY DIFFRACTION19DL343 - 385343 - 385
35X-RAY DIFFRACTION20DL112 - 342112 - 342
36X-RAY DIFFRACTION21DL386 - 471386 - 471
37X-RAY DIFFRACTION21DL576 - 732576 - 732
38X-RAY DIFFRACTION22DL472 - 487472 - 487
39X-RAY DIFFRACTION22DL556 - 575556 - 575
40X-RAY DIFFRACTION23DL488 - 555488 - 555
41X-RAY DIFFRACTION24DL733 - 903733 - 903
42X-RAY DIFFRACTION25EA910 - 9281 - 18
43X-RAY DIFFRACTION26FC910 - 9281 - 18
44X-RAY DIFFRACTION27GE910 - 9281 - 18
45X-RAY DIFFRACTION28HG910 - 9281 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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