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- PDB-1q9c: Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1q9c
タイトルCrystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless
要素Son of sevenless protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histone fold / H2A / H2B
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / Interleukin-15 signaling / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / Signaling by LTK / epidermal growth factor receptor binding / Regulation of KIT signaling / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / leukocyte migration / NRAGE signals death through JNK / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / roof of mouth development / regulation of T cell proliferation / B cell homeostasis / RET signaling / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / SHC1 events in ERBB4 signaling / hair follicle development / Interleukin receptor SHC signaling / Signalling to RAS / Signal attenuation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / RAC1 GTPase cycle / myelination / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / FCERI mediated Ca+2 mobilization / NCAM signaling for neurite out-growth / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / SHC1 events in ERBB2 signaling / GTPase activator activity / axon guidance / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / guanyl-nucleotide exchange factor activity / T cell activation / response to ischemia / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated MAPK activation / molecular condensate scaffold activity / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / SH3 domain binding / multicellular organism growth / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / regulation of cell population proliferation / RAF/MAP kinase cascade / Potential therapeutics for SARS / Ras protein signal transduction
類似検索 - 分子機能
Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain ...Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / : / SOS1/NGEF-like PH domain / Histone, subunit A / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Histone, subunit A / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sondermann, H. / Soisson, S.M. / Bar-Sagi, D. / Kuriyan, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Tandem Histone Folds in the Structure of the N-terminal Segment of the Ras Activator Son of Sevenless
著者: Sondermann, H. / Soisson, S.M. / Bar-Sagi, D. / Kuriyan, J.
履歴
登録2003年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS SEQUENCED THE ORIGINAL DNA, AND CONSISTENTLY FIND AN ALA AT POSITION 145. ...SEQUENCE THE AUTHORS SEQUENCED THE ORIGINAL DNA, AND CONSISTENTLY FIND AN ALA AT POSITION 145. ALSO, THE DENSITY FITS BETTER FOR AN ALA (COMPARED TO VAL). THE AUTHORS STATE THAT IN MOST OF THE SEQUENCES FROM OTHER SPECIES AND ISOFORMS, THIS POSITION IS AN ALA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Son of sevenless protein
B: Son of sevenless protein
C: Son of sevenless protein
D: Son of sevenless protein
E: Son of sevenless protein
F: Son of sevenless protein
G: Son of sevenless protein
H: Son of sevenless protein
I: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,7189
ポリマ－199,7189
非ポリマー00
水00
1
A: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Son of sevenless protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1911
ポリマ－22,1911
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.397, 109.199, 212.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Son of sevenless protein / SOS-1


分子量: 22190.918 Da / 分子数: 9 / 断片: N-terminal Histone domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / プラスミド: pProExHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q07889
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-20 mg/mlprotein1drop
24-12 %PEG33501reservoir
30.2 ML-proline1reservoir
40.1 Mmagnesium acetate1reservoir
55 %ethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月26日 / 詳細: Double-crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.211→19.9 Å / Num. all: 36035 / Num. obs: 35294 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 68.3 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 3.21→3.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 99 Å / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Mean I/σ(I) obs: 2.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.21→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 2436 7 %RANDOM
Rwork0.255 ---
all-36060 --
obs-34887 96.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 15.0817 Å2 / ksol: 0.204227 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.78 Å20 Å20 Å2
2---10.31 Å20 Å2
3---6.53 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.49 Å / Luzzati sigma a free: 0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12555 0 0 0 12555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
LS精密化 シェル解像度: 3.21→3.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 387 7.4 %
Rwork0.338 4838 -
obs--88.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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