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- PDB-1q8d: The crystal structure of GDNF family co-receptor alpha 1 domain 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q8d
タイトルThe crystal structure of GDNF family co-receptor alpha 1 domain 3
要素GDNF family receptor alpha 1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / all-alpha / cys-rich / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / RET signaling / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / neurotrophin receptor activity / plasma membrane protein complex / RAF/MAP kinase cascade / multivesicular body / kidney development / neuron differentiation / male gonad development ...glial cell-derived neurotrophic factor receptor activity / RET signaling / glial cell-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / neurotrophin receptor activity / plasma membrane protein complex / RAF/MAP kinase cascade / multivesicular body / kidney development / neuron differentiation / male gonad development / neuron projection development / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell migration / integrin binding / nervous system development / signaling receptor activity / receptor complex / external side of plasma membrane / axon / neuronal cell body / Golgi apparatus / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GDNF binding domain / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor, alpha 1/2 / Glial cell line-derived neurotrophic factor receptor / GDNF receptor alpha / GDNF/GAS1 / GDNF/GAS1 domain / GDNF/GAS1 domain / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GDNF family receptor alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Leppanen, V.M. / Bespalov, M.M. / Runeberg-Roos, P. / Puurand, U. / Merits, A. / Saarma, M. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: The structure of GFRalpha1 domain 3 reveals new insights into GDNF binding and RET activation.
著者: Leppanen, V.M. / Bespalov, M.M. / Runeberg-Roos, P. / Puurand, U. / Merits, A. / Saarma, M. / Goldman, A.
履歴
登録2003年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDNF family receptor alpha 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1942
ポリマ－12,0751
非ポリマー1181
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.334, 61.334, 65.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 GDNF family receptor alpha 1 / GFR-alpha 1 / GDNF receptor alpha / GDNFR-alpha / TGF-beta related neurotrophic factor receptor 1 / ...GFR-alpha 1 / GDNF receptor alpha / GDNFR-alpha / TGF-beta related neurotrophic factor receptor 1 / RET ligand 1


分子量: 12075.384 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: GFRA1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q62997
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, MES, magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9635 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月30日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED DOUBLE Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9635 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 12986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 41.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 1300 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 333127.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 654 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 12755 98.4 %-
all-12986 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.4109 Å2 / ksol: 0.351992 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å21.56 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----2.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数773 0 0 105 878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.621.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.152.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 104 5.1 %
Rwork0.228 1942 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMMPD_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3MPD_XPLOR_PAR.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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