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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q7r | ||||||
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タイトル | X-ray crystallographic analysis of a predicted amidotransferase from B. stearothermophilus at 1.9 A resolution | ||||||
![]() | predicted amidotransferase | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutamine catabolic process / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miller, D.J. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure analysis of a predicted amidotransferase from B. stearothermophilus at 1.9 A resolution 著者: Miller, D.J. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | sequence No appropriate sequence database reference was available at the time of processing this file. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24439.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.25 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: drop: 0.05 M NaAc pH 5.0, 5 mM Tris pH 8.3, 9% PEG 4K, 0.15 M AmS, 0.25 M NaCl, 2.5 mM DTT; resevoir: 0.1 M NaAc pH 5.0, 18 % PEG 4K, 0.3 M AmS., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→27 Å / Num. all: 16403 / Num. obs: 16323 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2082 / % possible all: 84.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.002 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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