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万見
- PDB-1q7f: Brain Tumor NHL domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q7f
タイトルBrain Tumor NHL domain
要素brain tumor CG10719-PA
キーワードTRANSLATION / brat / NHL domain / NHL repeat / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / segmentation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / asymmetric cell division / ventral cord development / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation ...asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / segmentation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / asymmetric cell division / ventral cord development / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation / neuroblast differentiation / Neutrophil degranulation / apical cortex / neural precursor cell proliferation / negative regulation of neuroblast proliferation / oogenesis / regulation of synaptic vesicle endocytosis / rRNA transcription / regulation of neurogenesis / neuroblast proliferation / translation regulator activity / translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / brain development / neuron differentiation / regulation of translation / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / TolB, C-terminal domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein brain tumor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Edwards, T.A. / Wilkinson, B.D. / Wharton, R.P. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2003
タイトル: Model of the Brain Tumor-Pumilio translation repressor complex
著者: Edwards, T.A. / Wilkinson, B.D. / Wharton, R.P. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2003年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: brain tumor CG10719-PA
B: brain tumor CG10719-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8442
ポリマ－64,8442
非ポリマー00
水11,890660
1
A: brain tumor CG10719-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4221
ポリマ－32,4221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: brain tumor CG10719-PA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4221
ポリマ－32,4221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.770, 94.580, 130.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 brain tumor CG10719-PA / NHL


分子量: 32421.926 Da / 分子数: 2 / 断片: Brain Tumor NHL domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: brain tumor / プラスミド: pET19b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8MQJ9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 660 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 55% amm PO4 5% MPD, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 mg/mlprotein1drop
220 mMBis-Tris1drop
350 mM1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1droppH6
553 %di-basic ammonium phosphate1reservoir
64 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 42070 / Num. obs: 35583 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.94 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 68.7
反射
*PLUS
Num. obs: 42132 / % possible obs: 84.1 % / Num. measured all: 250484
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.7 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1425 3.4 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2002 35583 84.6 %-
all-42070 --
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4478 0 0 660 5138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00623
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.358
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1922
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.232.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 4 % / Rfactor Rwork: 0.2002
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00623
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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