PDB-1q5u: HUMAN DUTP PYROPHOSPHATASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q5u

タイトル

HUMAN DUTP PYROPHOSPHATASE

要素

dUTP pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / DNA REPAIR / ENZYME-DNA INTERACTIONS

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mol, C.D. / Harris, J.M. / Mcintosh, E.M. / Tainer, J.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Human dUTP Pyrophosphatase: Uracil Recognition by a Beta Hairpin and Active Sites Formed by Three Separate Subunits
著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / Mcintosh, E.M. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2003年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q5u.cif.gz	92.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q5u.ent.gz	71.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q5u_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q5u_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	1q5u_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	1q5u_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/1q5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/1q5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q5hC 1dupS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q5h-d 3t60-d 2bko-1 6cqk-d 1v9a-d 3s5c-2 2bkn-1 2y1n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: dUTP pyrophosphatase

Y: dUTP pyrophosphatase

Z: dUTP pyrophosphatase

48.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.991, 110.666, 52.954
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

the asymmetric unit contains the biologically-relevant trimer.

#1: タンパク質	dUTP pyrophosphatase 分子量: 16244.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDUT / プラスミド: PEM409 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33316
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.92 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.1M sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	20 mM	HEPES	1	drop	pH7.5
3	100 mM		1	drop		NaCl
4	1.0-1.2 M	sodium citrate	1	reservoir	pH8.0
5	100 mM	imidazole/malate	1	reservoir	pH7.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 29007 / Num. obs: 29007 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 20 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2900 / R_sym value: 0.453 / % possible all: 98.9
反射	PLUS % possible obs: 97 % / Num. measured all*: 101047
反射シェル	PLUS % possible obs*: 99 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DUP

1dup

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.617 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22582	1467	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1878	-	-	-
all	0.18965	27503	-	-
obs	0.18965	27503	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.244 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3057	0	0	304	3361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.987	1.946	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.821	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.168	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.374	1.5	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.746	2	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.21	3	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.061	4.5	1137

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.316	96
R_work	0.256	2040

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7187	0.2101	0.4316	1.159	0.3785	3.2333	-0.017	0.0904	-0.0317	-0.2032	-0.0639	0.1547	-0.0059	-0.2253	0.0809	0.1006	0.0102	-0.0282	0.0834	0.0144	0.062	6.548	36.985	8.317
2	2.0099	-0.9885	-0.1024	1.971	0.0358	0.9869	-0.0217	-0.0057	-0.0949	0.0079	-0.0034	0.0723	0.0005	-0.053	0.0252	0.0233	-0.002	0.0019	0.0484	-0.0129	0.0056	15.482	24.226	19.556
3	1.3294	0.1206	0.0506	1.5149	0.3388	0.993	0.0107	0.0267	0.1078	-0.121	0.0091	0.0349	-0.1143	-0.0327	-0.0197	0.0458	0.0069	-0.0009	0.0525	0.0051	0.0307	14.046	43.101	24.833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	A	-2 - 128	4 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Y	B	0 - 126	6 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Z	C	-5 - 126	1 - 132

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.27 / R_factor R_work: 0.169

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	2.78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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