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- PDB-1q5n: Crystal Structure of beta-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q5n
タイトルCrystal Structure of beta-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase (CMLE) from Acinetobacter calcoaceticus sp. ADP1
要素3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / CMLE / cycloisomerase / aromatic degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / lyase activity
類似検索 - 分子機能
3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase ...3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The lactonizing enzymes of the beta-ketoadipate pathway: The use of fundamentally different structural and mechanistic motifs to catalyze essentially identical reactions in the catabolism of aromatics
著者: Vetting, M.W. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2003年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,6501
ポリマ－49,6501
非ポリマー00
水1,78399
1
A: 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase

A: 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,5994
ポリマ－198,5994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area27070 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area56820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)159.220, 159.220, 93.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-452-

HOH

詳細The protein is a tetramer in solution. There is one subunit per ASU.

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要素

#1: タンパク質 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase / 3-carboxymuconate lactonizing enzyme / CMLE


分子量: 49649.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter calcoaceticus (バクテリア)
遺伝子: PCAB / プラスミド: pet28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834DE3
参照: UniProt: Q59092, 3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: vapor diffusion under oil / pH: 5.75
詳細: Peg 6000, LiCl, Sodium Citrate, pH 5.75, Vapour Diffusion Under Oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月3日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator with fixed exit geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 26787 / Num. obs: 26787 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 33.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
Mantidデータ削減
CNS1精密化
MAID位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1298 -RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.16 26730 98.8 %-
all-26730 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 0 99 3416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.72687
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017508
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2482 44
Rwork0.2119 -
obs-975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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