PDB-1q51: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis MenB in Complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q51

タイトル

Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis MenB in Complex with Acetoacetyl-Coenzyme A, a Key Enzyme in Vitamin K2 Biosynthesis

要素

menB

キーワード

LYASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / menaquinone biosynthetic process / protein hexamerization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Truglio, J.J. / Theis, K. / Feng, Y. / Gajda, R. / Machutta, C. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MenB, a key enzyme in vitamin K2 biosynthesis.
著者: Truglio, J.J. / Theis, K. / Feng, Y. / Gajda, R. / Machutta, C. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2003年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q51.cif.gz	646 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q51.ent.gz	539 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q51.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q51_validation.pdf.gz	982.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q51_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	1q51_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	1q51_validation.cif.gz	106.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/1q51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/1q51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q52C 1dubS 1dci 1ef8 1hnu 1nzy 1o8u S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nek-d 4i42-1 1q52-2 6ojm-2 4zdc-1 4zdf-1 4jcs-1 4qij-1 1q52-1 6ojm-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv0548c

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: menB

B: menB

C: menB

D: menB

E: menB

F: menB

G: menB

H: menB

I: menB

J: menB

K: menB

L: menB

ヘテロ分子

427 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: menB

B: menB

C: menB

D: menB

E: menB

F: menB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: menB

H: menB

I: menB

J: menB

K: menB

L: menB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
214 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.401, 139.389, 142.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	A	A	18 - 314	18 - 314
2	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	B	B	18 - 314	18 - 314
3	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	C	C	18 - 314	18 - 314
4	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	D	D	18 - 314	18 - 314
5	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	E	E	18 - 314	18 - 314
6	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	F	F	18 - 314	18 - 314
7	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	G	G	18 - 314	18 - 314
8	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	H	H	18 - 314	18 - 314
9	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	I	I	18 - 314	18 - 314
10	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	J	J	18 - 314	18 - 314
11	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	K	K	18 - 314	18 - 314
12	1	1	ASN	ASN	PHE	PHE	2	L	L	18 - 314	18 - 314
13	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	A	Y	502 - 524
14	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	B	Z	504 - 528
15	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	C - E	AA - CA	505 - 507
16	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	D - A	BA - Y	506 - 532
17	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	E - C	CA - AA	510 - 535
18	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	D - B	BA - Z	535 - 537
19	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	G	EA	509 - 530
20	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	G - H	EA - FA	531 - 533
21	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	G - I	EA - GA	534 - 541
22	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	K - G	IA - EA	534 - 542
23	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	K - I	IA - GA	501 - 515
24	2	1	HOH	HOH	HOH	HOH	4	L - H	JA - FA	518 - 542
1	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	A	M	501
2	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	B	N	502
3	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	C	O	503
4	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	D	P	504
5	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	E	Q	505
6	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	F	R	506
7	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	G	S	507
8	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	H	T	508
9	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	I	U	509
10	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	J	V	510
11	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	K	W	500
12	1	2	CAA	CAA	CAA	CAA	1	L	X	511

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	menB 分子量: 34731.938 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: menB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: O06414, UniProt: P9WNP5*PLUS, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
#2: 化合物	ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA 分子量: 851.607 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₀N₇O₁₈P₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.22 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: dioxane, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	0.5-2 %	dioxane	1	reservoir
2	1.2-1.3 M	ammonium sulfate	1	reservoir
3	0.1 M	MES	1	reservoir	pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月2日
放射	モノクロメーター: null / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 146353
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.7 % / Num. measured all: 503676 / R_merge(I) obs*: 0.116
反射シェル	PLUS R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs*: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DUB

1dub

解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.855 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24106	7777	5 %	RANDOM
R_work	0.20171	-	-	-
all	0.20369	-	-	-
obs	0.20369	146353	99.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.919 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.24 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-1.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25697	0	648	422	26767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	27017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.956	36712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.394	5	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	21278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	12903
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.639	1.5	16136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.231	2	25714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.831	3	10881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.895	4.5	10998

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1084	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	1084	tight positional	0.06	0.05
1	3	C	1084	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	1084	tight positional	0.05	0.05
1	5	E	1084	tight positional	0.05	0.05
1	6	F	1084	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	1084	tight positional	0.05	0.05
1	8	H	1084	tight positional	0.05	0.05
1	9	I	1084	tight positional	0.05	0.05
1	10	J	1084	tight positional	0.05	0.05
1	11	K	1084	tight positional	0.05	0.05
1	12	L	1084	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	54	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	54	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	54	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	54	tight positional	0.02	0.05
2	5	E	54	tight positional	0.03	0.05
2	6	F	54	tight positional	0.03	0.05
2	7	G	54	tight positional	0.03	0.05
2	8	H	54	tight positional	0.02	0.05
2	9	I	54	tight positional	0.02	0.05
2	10	J	54	tight positional	0.03	0.05
2	11	K	54	tight positional	0.03	0.05
2	12	L	54	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1077	medium positional	0.38	0.5
1	2	B	1077	medium positional	0.47	0.5
1	3	C	1077	medium positional	0.34	0.5
1	4	D	1077	medium positional	0.34	0.5
1	5	E	1077	medium positional	0.3	0.5
1	6	F	1077	medium positional	0.29	0.5
1	7	G	1077	medium positional	0.36	0.5
1	8	H	1077	medium positional	0.3	0.5
1	9	I	1077	medium positional	0.44	0.5
1	10	J	1077	medium positional	0.35	0.5
1	11	K	1077	medium positional	0.38	0.5
1	12	L	1077	medium positional	0.42	0.5
1	1	A	1084	tight thermal	0.17	0.5
1	2	B	1084	tight thermal	0.14	0.5
1	3	C	1084	tight thermal	0.13	0.5
1	4	D	1084	tight thermal	0.16	0.5
1	5	E	1084	tight thermal	0.12	0.5
1	6	F	1084	tight thermal	0.12	0.5
1	7	G	1084	tight thermal	0.13	0.5
1	8	H	1084	tight thermal	0.13	0.5
1	9	I	1084	tight thermal	0.16	0.5
1	10	J	1084	tight thermal	0.12	0.5
1	11	K	1084	tight thermal	0.12	0.5
1	12	L	1084	tight thermal	0.15	0.5
2	1	A	54	tight thermal	0.11	0.5
2	2	B	54	tight thermal	0.08	0.5
2	3	C	54	tight thermal	0.07	0.5
2	4	D	54	tight thermal	0.07	0.5
2	5	E	54	tight thermal	0.08	0.5
2	6	F	54	tight thermal	0.08	0.5
2	7	G	54	tight thermal	0.07	0.5
2	8	H	54	tight thermal	0.1	0.5
2	9	I	54	tight thermal	0.08	0.5
2	10	J	54	tight thermal	0.07	0.5
2	11	K	54	tight thermal	0.08	0.5
2	12	L	54	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	1077	medium thermal	1.23	2
1	2	B	1077	medium thermal	1.09	2
1	3	C	1077	medium thermal	0.98	2
1	4	D	1077	medium thermal	1.06	2
1	5	E	1077	medium thermal	0.94	2
1	6	F	1077	medium thermal	0.91	2
1	7	G	1077	medium thermal	0.98	2
1	8	H	1077	medium thermal	0.97	2
1	9	I	1077	medium thermal	1.06	2
1	10	J	1077	medium thermal	0.86	2
1	11	K	1077	medium thermal	1.04	2
1	12	L	1077	medium thermal	1.06	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.318	615
R_work	0.275	10759

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å / R_factor R_free: 0.243 / R_factor R_work: 0.203

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.5

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