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万見
- PDB-1q47: Structure of the Semaphorin 3A Receptor-Binding Module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q47
タイトルStructure of the Semaphorin 3A Receptor-Binding Module
要素Semaphorin 3A
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / regulation of axon extension involved in axon guidance / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development ...neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / regulation of axon extension involved in axon guidance / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / epithelial cell migration / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / semaphorin receptor binding / positive regulation of male gonad development / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / maintenance of synapse structure / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / sympathetic neuron projection extension / synaptic target recognition / negative regulation of epithelial cell migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / negative regulation of axon extension / axonogenesis involved in innervation / nerve development / positive regulation of neuron migration / neuropilin binding / olfactory bulb development / chemorepellent activity / motor neuron axon guidance / axon extension / axonal fasciculation / dendrite morphogenesis / negative chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of heart rate / axon guidance / neuron migration / nervous system development / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Semaphorin-3A, sema domain / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Semaphorin / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain ...Semaphorin-3A, sema domain / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Semaphorin / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Antipenko, A. / Himanen, J.-P. / van Leyen, K. / Nardi-Dei, V. / Lesniak, J. / Barton, W.A. / Rajashankar, K.R. / Lu, M. / Hoemme, C. / Puschel, A. / Nikolov, D.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2003
タイトル: Structure of the semaphorin-3A receptor binding module.
著者: Antipenko, A. / Himanen, J.-P. / van Leyen, K. / Nardi-Dei, V. / Lesniak, J. / Barton, W.A. / Rajashankar, K.R. / Lu, M. / Hoemme, C. / Puschel, A.W. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2003年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semaphorin 3A
B: Semaphorin 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8126
ポリマ－112,9272
非ポリマー8854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area43000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.791, 59.733, 122.715
Angle α, β, γ (deg.)90, 109.007, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer which is found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Semaphorin 3A / Semaphorin III / Sema III / Semaphorin D / Sema D


分子量: 56463.582 Da / 分子数: 2 / 断片: Sema-3A 65k (residues 26-520) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O08665
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tris, PEG 8000, heptyl-beta-D thioglucoside, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97, 0.964
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
20.9641
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 278233 / Num. obs: 277955 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.294 7016 random
obs0.249 70534 -
all-72166 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7863 0 60 0 7923

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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