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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q47 | ||||||
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タイトル | Structure of the Semaphorin 3A Receptor-Binding Module | ||||||
要素 | Semaphorin 3A | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / beta propeller (Βプロペラドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / regulation of axon extension involved in axon guidance / synaptic target recognition / CRMPs in Sema3A signaling / basal dendrite arborization / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / semaphorin receptor binding / epithelial cell migration / ventral trunk neural crest cell migration ...neural crest cell migration involved in sympathetic nervous system development / regulation of axon extension involved in axon guidance / synaptic target recognition / CRMPs in Sema3A signaling / basal dendrite arborization / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / semaphorin receptor binding / epithelial cell migration / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / positive regulation of male gonad development / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / maintenance of synapse structure / axon extension involved in axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / negative regulation of epithelial cell migration / sympathetic ganglion development / axonogenesis involved in innervation / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / negative regulation of axon extension / nerve development / positive regulation of neuron migration / olfactory bulb development / neuropilin binding / chemorepellent activity / axon extension / motor neuron axon guidance / axonal fasciculation / dendrite morphogenesis / 神経堤 / negative chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of heart rate / 軸索誘導 / neuron migration / negative regulation of neuron projection development / nervous system development / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Antipenko, A. / Himanen, J.-P. / van Leyen, K. / Nardi-Dei, V. / Lesniak, J. / Barton, W.A. / Rajashankar, K.R. / Lu, M. / Hoemme, C. / Puschel, A. / Nikolov, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2003 タイトル: Structure of the semaphorin-3A receptor binding module. 著者: Antipenko, A. / Himanen, J.-P. / van Leyen, K. / Nardi-Dei, V. / Lesniak, J. / Barton, W.A. / Rajashankar, K.R. / Lu, M. / Hoemme, C. / Puschel, A.W. / Nikolov, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q47.cif.gz | 198.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q47.ent.gz | 163 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q47.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/1q47 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer which is found in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56463.582 Da / 分子数: 2 / 断片: Sema-3A 65k (residues 26-520) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O08665 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris, PEG 8000, heptyl-beta-D thioglucoside, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97, 0.964 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月2日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 278233 / Num. obs: 277955 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.93 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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