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- PDB-1q45: 12-0xo-phytodienoate reductase isoform 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q45
タイトル12-0xo-phytodienoate reductase isoform 3
要素12-oxophytodienoate-10,11-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / flavoenzyme / xenobiotic reductase / old yellow enzyme / secondary messenger / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / stamen development / jasmonic acid biosynthetic process / response to ozone / oxylipin biosynthetic process / response to fungus / peroxisome / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 12-oxophytodienoate reductase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Phillips Jr., G.N. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Smith, D.W. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of Arabidopsis At2g06050, 12-oxophytodienoate reductase isoform 3
著者: Malone, T.E. / Madson, S.E. / Wrobel, R.L. / Jeon, W.B. / Rosenberg, N.S. / Johnson, K.A. / Bingman, C.A. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Markley, J.L. / Fox, B.G.
履歴
登録2003年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12-oxophytodienoate-10,11-reductase
B: 12-oxophytodienoate-10,11-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3954
ポリマ－85,4822
非ポリマー9132
水7,386410
1
A: 12-oxophytodienoate-10,11-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1982
ポリマ－42,7411
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 12-oxophytodienoate-10,11-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1982
ポリマ－42,7411
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.113, 85.068, 121.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 12-oxophytodienoate-10,11-reductase / E.C.1.3.1.42 / 12-0xo-phytodienoate reductase isoform 3 / 12-oxophytodienoate reductase / OPR3 / DDE1


分子量: 42741.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g06050 / プラスミド: PVP13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9FUP0, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Glycine, MEPEG 5000, triethanolamine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1droppH6.0
3100 mM1dropNaCl
40.3 mMTCEP1drop
58.75-10.0 %mmePEG50001reservoir
60.1 Mtriethanolamine1reservoirpH8.0
70.275-0.35 Mglycine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月20日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Diamond (111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 55478 / Num. obs: 50628 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.09 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 0.39 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / Num. unique all: 2384 / Rsym value: 0.687 / % possible all: 43.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 24.92 Å / Num. obs: 48056 / % possible obs: 91.3 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 43.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOMOREモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
SOMORE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.88 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23588 2572 5.1 %RANDOM
Rwork0.18635 ---
all0.18884 55478 --
obs0.1888 48056 91.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.896 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5634 0 62 410 6106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0215832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.9637913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.887312087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7735728
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2590.27337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.23688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.921.53622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61525798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44332210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8364.52115
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 86 -
Rwork0.297 1541 -
obs-2384 44 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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