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- PDB-1q3s: Crystal structure of the chaperonin from Thermococcus strain KS-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3s
タイトルCrystal structure of the chaperonin from Thermococcus strain KS-1 (FormIII crystal complexed with ADP)
要素Thermosome alpha subunit
キーワードCHAPERONE / chaperonin / thermosome
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. ...GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Thermosome, archaeal / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Thermosome subunit alpha / Thermosome subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sp. (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shomura, Y. / Yoshida, T. / Iizuka, R. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structures of the Group II Chaperonin from Thermococcus strain KS-1: Steric Hindrance by the Substituted Amino Acid, and Inter-subunit Rearrangement between Two Crystal Forms.
著者: Shomura, Y. / Yoshida, T. / Iizuka, R. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray characterization of archaeal group II chaperonin alpha-subunit from Thermococcus strain KS-1
著者: Shomura, Y. / Yoshida, T. / Maruyama, T. / Yohda, M. / Miki, K.
履歴
登録2003年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
E: Thermosome alpha subunit
F: Thermosome alpha subunit
G: Thermosome alpha subunit
H: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)477,96023
ポリマ－474,3738
非ポリマー3,58815
水00
1
A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
E: Thermosome alpha subunit
F: Thermosome alpha subunit
G: Thermosome alpha subunit
H: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子

A: Thermosome alpha subunit
B: Thermosome alpha subunit
C: Thermosome alpha subunit
D: Thermosome alpha subunit
E: Thermosome alpha subunit
F: Thermosome alpha subunit
G: Thermosome alpha subunit
H: Thermosome alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)955,92146
ポリマ－948,74516
非ポリマー7,17530
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)207.425, 236.230, 234.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological assembly is a hexadecamer generated from the octamer in the asymmetric unit by the operations: -x+1, y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Thermosome alpha subunit / Thermosome subunit 1 / Chaperonin alpha subunit


分子量: 59296.586 Da / 分子数: 8 / 変異: G65C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sp. (古細菌) / 株: KS-1 / 遺伝子: THSA OR CPKA / Plasmid details: derivative of pET9a / プラスミド: pK1E-alpha1-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O24729, UniProt: P61112*PLUS, EC: 3.6.4.9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: lithium sulfate, PEG 3350, ADA, magnesium chloride, ADP, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14 mMADP1drop
25 mM1dropMgCl2
3100 mMADA1reservoirpH6.1
4100 mM1reservoirLi2SO4
514 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1.14 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Diamond trichromater / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. all: 112368 / Num. obs: 112339 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル最高解像度: 3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 556555 / Rmerge(I) obs: 0.119
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.384

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q2V

1q2v


解像度: 3→73.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 16921226.3 / Data cutoff high rms absF: 16921226.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 5646 5 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 112339 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.6014 Å2 / ksol: 0.391713 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.05 Å20 Å20 Å2
2--9.38 Å20 Å2
3----4.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.75 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→73.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31528 0 223 0 31751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.542.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 849 4.7 %
Rwork0.366 17048 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ADP.PARADP.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 73.6 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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