PDB-1q2t: Solution structure of d(5mCCTCTCC)4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q2t

タイトル

Solution structure of d(5mCCTCTCC)4

要素

5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*TP*CP*C)-3'

キーワード

DNA / DNA solution structure / i-motif / protonated cytidine / hemiprotonated base-pairs

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Leroy, J.-L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: T.T pair intercalation and duplex inter-conversion within i-motif tetramers
著者: Leroy, J.-L.

履歴

登録	2003年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q2t.cif.gz	24.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q2t.ent.gz	17.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q2t_validation.pdf.gz	249.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q2t_full_validation.pdf.gz	249.6 KB	表示
XML形式データ	1q2t_validation.xml.gz	2.5 KB	表示
CIF形式データ	1q2t_validation.cif.gz	2.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rme
類似構造データ	2fk3-4 2y6n-1 2fk3-7 2lmg-d 2kb9-d 1ehs-d 2xdc-1 2mb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*TP*CP*C)-3'

B: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*TP*CP*C)-3'

C: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*TP*CP*C)-3'

D: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*TP*CP*C)-3'

7.77 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 10	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル

#1: DNA鎖	5'-D((MCY)PCPTPCPTPCPC)-3' 分子量: 1943.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 10mM DNA strand / 溶媒系: H2O 90%, D2O 10%
試料状態	イオン強度: No added counter-ions / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 273 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structure is based on a total of 172 restraints. 30 base-pairing restraints from hydrogen bonds, 78 NOE-distance restraints and 36 repulsive restraints reflecting the absence of NOE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)