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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q2t | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of d(5mCCTCTCC)4 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / DNA solution structure / i-motif / protonated cytidine / hemiprotonated base-pairs | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Leroy, J.-L. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: T.T pair intercalation and duplex inter-conversion within i-motif tetramers 著者: Leroy, J.-L. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure and conversion kinetics of a bi-stable DNA i-motif: broken symmetry in the [d(5mCCTCC)]4 tetramer. 著者: Nonin, S. / Leroy, J.-L. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q2t.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q2t.ent.gz | 17.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1q2t_validation.pdf.gz | 249.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1q2t_full_validation.pdf.gz | 249.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1q2t_validation.xml.gz | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1q2t_validation.cif.gz | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1943.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 10mM DNA strand / 溶媒系: H2O 90%, D2O 10% |
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試料状態 | イオン強度: No added counter-ions / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 273 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: the structure is based on a total of 172 restraints. 30 base-pairing restraints from hydrogen bonds, 78 NOE-distance restraints and 36 repulsive restraints reflecting the absence of NOE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |