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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q2t | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of d(5mCCTCTCC)4 | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DNA solution structure / i-motif / protonated cytidine / hemiprotonated base-pairs | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Leroy, J.-L. | ![]() ![]() タイトル: T.T pair intercalation and duplex inter-conversion within i-motif tetramers 著者: Leroy, J.-L. #1: ![]() タイトル: Structure and conversion kinetics of a bi-stable DNA i-motif: broken symmetry in the [d(5mCCTCC)]4 tetramer. 著者: Nonin, S. / Leroy, J.-L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 249.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 249.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1943.384 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 10mM DNA strand / 溶媒系: H2O 90%, D2O 10% |
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試料状態 | イオン強度: No added counter-ions / pH: 4.4 / 圧: ambient / 温度: 273 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: the structure is based on a total of 172 restraints. 30 base-pairing restraints from hydrogen bonds, 78 NOE-distance restraints and 36 repulsive restraints reflecting the absence of NOE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |