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万見
- PDB-1q2r: Chemical trapping and crystal structure of a catalytic tRNA guani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q2r
タイトルChemical trapping and crystal structure of a catalytic tRNA guanine transglycosylase covalent intermediate
要素
  • Queuine tRNA-ribosyltransferase
  • RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')
キーワードTransferase/RNA / TIM barrel / Protein-RNA complex / Covalent intermediate / Transferase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9-DEAZAGUANINE / RNA / RNA (> 10) / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Xie, W. / Liu, X. / Huang, R.H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Chemical trapping and crystal structure of a catalytic tRNA guanine transglycosylase covalent intermediate
著者: Xie, W. / Liu, X. / Huang, R.H.
履歴
登録2003年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.02023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
C: Queuine tRNA-ribosyltransferase
D: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,11114
ポリマ－184,2486
非ポリマー8628
水2,270126
1
E: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4144
ポリマ－49,1982
非ポリマー2162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1413
ポリマ－42,9261
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
F: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')
C: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4144
ポリマ－49,1982
非ポリマー2162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1413
ポリマ－42,9261
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)264.856, 264.856, 55.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*(N)P*UP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*UP*GP*C)-3')


分子量: 6272.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
Queuine tRNA-ribosyltransferase / EC 2.4.2.29 / tRNA-guanine transglycosylase / Guanine insertion enzyme


分子量: 42925.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / 株: ZM4-CP4 / 遺伝子: TGT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-9DG / 9-DEAZAGUANINE / 9-デアザグアニン


分子量: 150.138 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2H2O11
3PEG 600012
4H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1100 mMHEPES1reservoirpH7.5
228 %(w/v)PEG60001reservoir
3100 mM1reservoirNaCl
410 mMspermine1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 43547 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.1 % / Num. unique obs: 4278 / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 5.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PUD

1pud


解像度: 2.9→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3280 -RANDOM
Rwork0.181 ---
all-43702 --
obs-40143 91.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11670 828 48 126 12672
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 36863 / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / Num. reflection obs: 3280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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