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万見
- PDB-1q1u: Crystal structure of human FHF1b (FGF12b) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q1u
タイトルCrystal structure of human FHF1b (FGF12b)
要素fibroblast growth factor homologous factor 1
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / FGF-12 / Human / crystal structure / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of voltage-gated sodium channel activity / regulation of neuronal action potential / positive regulation of sodium ion transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / neuromuscular process / Phase 0 - rapid depolarisation / sodium channel regulator activity / JNK cascade / neurogenesis ...regulation of voltage-gated sodium channel activity / regulation of neuronal action potential / positive regulation of sodium ion transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / neuromuscular process / Phase 0 - rapid depolarisation / sodium channel regulator activity / JNK cascade / neurogenesis / adult locomotory behavior / growth factor activity / nervous system development / cell-cell signaling / heparin binding / heart development / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / synapse / signal transduction / extracellular space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Olsen, S.K. / Garbi, M. / Zampieri, N. / Eliseenkova, A.V. / Ornitz, D.M. / Goldfarb, M. / Mohammadi, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Fibroblast growth factor (FGF) homologous factors share structural but not functional homology with FGFs
著者: Olsen, S.K. / Garbi, M. / Zampieri, N. / Eliseenkova, A.V. / Ornitz, D.M. / Goldfarb, M. / Mohammadi, M.
履歴
登録2003年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fibroblast growth factor homologous factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7505
ポリマ－16,3661
非ポリマー3844
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.624, 58.853, 65.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 fibroblast growth factor homologous factor 1 / FGF-12 / FGF12b / fibroblast growth factor 12 isoform 2 / myocyte-activating factor / Fgf12 protein


分子量: 16365.646 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-144 / 変異: C144A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: T7 promoter driven expression / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61328
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 400, 200mM ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
145 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES1droppH7.5
3300 mM1dropNaCl
420-25 %PEG4001reservoir
5200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.920218
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日
放射モノクロメーター: Kohzu double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920218 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 13559 / Num. obs: 13171 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 7.03
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible obs: 85 % / % possible all: 85
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. measured all: 93909 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.365

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1IHK

1ihk


解像度: 1.7→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1307 10.3 %random
Rwork0.223 ---
all0.2231 12734 --
obs0.2231 12734 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 20 36 1142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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