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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q1n | ||||||
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タイトル | APO AND HOLO STRUCTURES OF AN NADP(H)-DEPENDENT CINNAMYL ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE | ||||||
要素 | Hypothetical zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein in PRE5-FET4 intergenic region | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ADH TOPOLOGY / NADP(H)-DEPENDENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydroxymethylfurfural reductase (NADH) activity / hydroxymethylfurfural reductase (NADPH) activity / furaldehyde metabolic process / 3-methylbutanal reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process ...hydroxymethylfurfural reductase (NADH) activity / hydroxymethylfurfural reductase (NADPH) activity / furaldehyde metabolic process / 3-methylbutanal reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素 / cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Valencia, E. / Larroy, C. / Ochoa, W.F. / Pares, X. / Fita, I. / Biosca, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: Apo and Holo Structures of an NADP(H)-dependent Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae 著者: Valencia, E. / Larroy, C. / Ochoa, W.F. / Pares, X. / Fita, I. / Biosca, J.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of NADP(H)-dependent alcohol dehydrogenases from Saccharomyces cerevisiae and Rana perezi 著者: Valencia, E. / Rosell, A. / Larroy, C. / Farres, J. / Biosca, J.A. / Fita, I. / Pares, X. / Ochoa, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q1n.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q1n.ent.gz | 60.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q1n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q1n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is generated by chain A (x,y,z (1_555), y,x,1-z (4_556)). |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39669.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YMR318C (ADH6) / プラスミド: PYES2-YMR318C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: Q04894 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2M Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.28197 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月13日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28197 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→30 Å / Num. all: 15485 / Num. obs: 15485 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.15→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→5 Å
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