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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q1a | ||||||
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タイトル | Structure of the yeast Hst2 protein deacetylase in ternary complex with 2'-O-acetyl ADP ribose and histone peptide | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / ternary complex / histone deacetylase / 2'-O-ADP ribose | ||||||
機能・相同性 | ![]() Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of mitotic recombination / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / NAD-dependent histone deacetylase activity / replication fork protection complex / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / NAD+ binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / transferase activity / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, K. / Chai, X. / Marmorstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the yeast Hst2 protein deacetylase in ternary complex with 2'-O-Acetyl ADP ribose and histone peptide. 著者: Zhao, K. / Chai, X. / Marmorstein, R. #1: ![]() タイトル: Structure and autoregulation of the yeast Hst2 homolog of Sir2 著者: Zhao, K. / Chai, X. / Clements, A. / Marmorstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 731.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | protein is a monomer upon the substrate binding |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32654.424 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminla deletion of hst2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1197.457 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 12-21 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized / 参照: UniProt: P02309 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-OAD / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4K, , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: 0.9 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 43331 / Num. obs: 42619 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 17.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4192 / Rsym value: 0.163 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 43331 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Q14 解像度: 1.5→29.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5557 Å2 / ksol: 0.385886 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.18 Å / Luzzati sigma a free: 0.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.218 |