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- PDB-1q0w: Solution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0w
タイトルSolution structure of Vps27 amino-terminal UIM-ubiquitin complex
要素
  • Ubiquitinユビキチン
  • Vacuolar protein sorting-associated protein VPS27液胞
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


microlipophagy / positive regulation of protein maturation / : / : / Metalloprotease DUBs / : / : / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...microlipophagy / positive regulation of protein maturation / : / : / Metalloprotease DUBs / : / : / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / : / UCH proteinases / Regulation of PTEN stability and activity / Aggrephagy / ESCRT-0 complex / Regulation of TP53 Degradation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Peroxisomal protein import / Orc1 removal from chromatin / Translesion synthesis by REV1 / ABC-family proteins mediated transport / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / microautophagy / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / ATP export / protein retention in Golgi apparatus / MAPK6/MAPK4 signaling / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to vacuole / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / vacuolar membrane / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Ub-specific processing proteases / Dual incision in TC-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein secretion / ribosomal large subunit export from nucleus / ubiquitin binding / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / endosome membrane / エンドソーム / structural constituent of ribosome / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM ...: / Vacuolar protein sorting-associated protein 27, GAT-like domain / Hepatocyte growth factor-regulated tyrosine kinase substrate/VPS27 / FYVE zinc finger / FYVE zinc finger / Protein present in Fab1, YOTB, Vac1, and EEA1 / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Zinc finger, FYVE-related / Zinc finger FYVE/FYVE-related type profile. / Ubiquitin interaction motif / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin / Vacuolar protein sorting-associated protein 27 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Swanson, K.A. / Kang, R.S. / Stamenova, S.D. / Hicke, L. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Solution Structure of Vps27 UIM-Ubiquitin Complex Important for Endosomal Sorting and Receptor Downregulation
著者: Swanson, K.A. / Kang, R.S. / Stamenova, S.D. / Hicke, L. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2003年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX Author determined secondary structure
Remark 700SHEET Author determined secondary structure

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein VPS27
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3932
ポリマ－11,3932
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80The submitted conformers are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Vacuolar protein sorting-associated protein VPS27 / 液胞


分子量: 2824.103 Da / 分子数: 1 / 断片: Amino-terminal UIM, residues 256 to 278 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence was synthesized using a peptide synthesizer. The sequence contains a non-native tyrosine residue at the amino-terminus (residue number 255). The sequence occurs naturally in S. Cerevisiae.
参照: UniProt: P40343
#2: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: (UBI1 OR RPL40A OR YIL148W) AND (UBI2 OR RPL40B OR YKR094C) AND (UBI3 OR RPS31 OR YLR167W OR L9470.14) AND (UBI4 OR SCD2 OR YLL039C)
プラスミド: pET3-a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61864, UniProt: P0CG63*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1212D double half-filtered NOESY
1323D 13C-separated NOESY
1422D double half-filtered NOESY
1523D 13C-filtered,13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM90% H2O/10% D2O
21 mM U-15N,13C Ubiquitin + 1 mM Vps27 amino-terminal UIM100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate, pH 6.0, 0.2% NaN3 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVarian Instrumentscollection
Felix98Accelrysデータ解析
CNS1.1Brunger et al.精密化
ARIA1.2Linge and Nilges精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2138 DISTANCE RESTRAINTS, INCLUDING 2062 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS [1625 UNAMBIGUOUS AND 437 AMBIGUOUS RESTRAINTS], 76 HYDROGEN BONDING DISTANCE ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2138 DISTANCE RESTRAINTS, INCLUDING 2062 NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS [1625 UNAMBIGUOUS AND 437 AMBIGUOUS RESTRAINTS], 76 HYDROGEN BONDING DISTANCE RESTRAINTS, AND 112 TORSION ANGLE RESTRAINTS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformers are the 20 structures with the lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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