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- PDB-1pzk: Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With N-Acyl Phenyl Galactoside 9h -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzk
タイトルCholera Toxin B-Pentamer Complexed With N-Acyl Phenyl Galactoside 9h
要素Cholera Toxin B Subunit
キーワードTOXIN / PENTAMER / MONOVALENT / INHIBITOR / CHOLERA
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J12 / Cholera enterotoxin B-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Mitchell, D.D. / Pickens, J.C. / Korotkov, K. / Fan, E. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: 3,5-Substituted phenyl galactosides as leads in designing effective cholera toxin antagonists; synthesis and crystallographic studies
著者: Mitchell, D.D. / Pickens, J.C. / Korotkov, K. / Fan, E. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2003年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cholera Toxin B Subunit
E: Cholera Toxin B Subunit
F: Cholera Toxin B Subunit
G: Cholera Toxin B Subunit
H: Cholera Toxin B Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,22510
ポリマ－58,1165
非ポリマー3,1095
水11,349630
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15500 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.048, 66.137, 78.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cholera Toxin B Subunit / CTB / cholera toxin B protein / cholera toxin subunit B


分子量: 11623.267 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: CAA41591 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q57193
#2: 化合物
ChemComp-J12 / N-{3-[4-(3-AMINO-PROPYL)-PIPERAZIN-1-YL]-PROPYL}-3-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-5-(3,4,5-TRIHYDROXY-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-BENZAMIDE


分子量: 621.745 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H43N5O8S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 36% PEG 550 MME, 50 mM NaCl, 100 mM Tris pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
136 %PEG550 MME1reservoir
250 mM1reservoirNaCl
3100 mMTris-HCl1reservoirpH7.3
45 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月17日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 104310 / Num. obs: 104310 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.14 % / Biso Wilson estimate: 13.578 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique all: 7413 / Rsym value: 0.402 / % possible all: 68.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 342770 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.4 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
TRUNCATEデータ削減
XTALVIEW精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CHB

3chb


解像度: 1.35→33.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.888 / SU ML: 0.035 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17347 5202 5 %RANDOM
Rwork0.13185 ---
all0.13389 104310 --
obs0.13389 99104 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 121 630 4846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214312
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.9725841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38138964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9245510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.3845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2760.34505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.52217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.5807
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3530.327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33832577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.11744190
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.20941725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.69461626
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.61824302
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.12310630
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.081104216
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.386 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.28 237
Rwork0.229 4703
obs-4703
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.173 / Rfactor Rwork: 0.132
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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