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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pzi | ||||||
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タイトル | Heat-Labile Enterotoxin B-Pentamer Complexed With Nitrophenyl Galactoside 2a | ||||||
要素 | Heat-labile Enterotoxin B subunit | ||||||
キーワード | TOXIN INHIBITOR / PENTAMER / MONOVALENT / TOXIN (毒素) / INHIBITOR (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Mitchell, D.D. / Pickens, J.C. / Korotkov, K. / Fan, E. / Hol, W.G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: 3,5-Substituted phenyl galactosides as leads in designing effective cholera toxin antagonists; synthesis and crystallographic studies 著者: Mitchell, D.D. / Pickens, J.C. / Korotkov, K. / Fan, E. / Hol, W.G.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pzi.cif.gz | 130.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pzi.ent.gz | 101.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pzi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pzi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11807.539 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ELTB / プラスミド: LAMBDA-PR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P32890 #2: 化合物 | ChemComp-1DM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 32% PEG 5000, 100 mM Tris-HCl pH 7.8, 50 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 34499 / Num. obs: 34499 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 20.322 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 19.28 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.07 Å / 冗長度: 2.27 % / Mean I/σ(I) obs: 7.07 / Num. unique all: 3005 / Rsym value: 0.145 / % possible all: 84.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 124930 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84.1 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DJR 解像度: 1.99→27.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.336 / SU ML: 0.121 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.815 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→27.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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