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万見
- PDB-1pzd: Structural Identification of a conserved appendage domain in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzd
タイトルStructural Identification of a conserved appendage domain in the carboxyl-terminus of the COPI gamma-subunit.
要素Coatomer gamma subunit
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / platform domain / appendage domain / ear domain / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI vesicle coat / organelle transport along microtubule / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity ...COPI vesicle coat / organelle transport along microtubule / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coatomer, gamma subunit, appendage domain / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / TATA-Binding Protein / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal ...Coatomer, gamma subunit, appendage domain / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / TATA-Binding Protein / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hoffman, G.R. / Rahl, P.B. / Collins, R.N. / Cerione, R.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Conserved Structural Motifs in Intracellular Trafficking Pathways. Structure of the gammaCOP Appendage Domain.
著者: Hoffman, G.R. / Rahl, P.B. / Collins, R.N. / Cerione, R.A.
履歴
登録2003年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESIDUES 555-603 were included in the crystalized protein but did not show any electron ...SEQUENCE RESIDUES 555-603 were included in the crystalized protein but did not show any electron density so are presumably disordered.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coatomer gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0364
ポリマ－35,7481
非ポリマー2883
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.570, 89.560, 98.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Coatomer gamma subunit / Gamma-coat protein / Gamma-COP


分子量: 35748.184 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 555-874 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: COPG / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P53620
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM sodium citrate and 1.5-1.7M lithium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 18K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH7.5
31.4-1.7 M1reservoirLi2SO4
4100 mMsodium citrate1reservoirpH6.0

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
21
11
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.92
シンクロトロンCHESS F220.9789, 0.9783, 0.9500
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.97891
30.97831
40.951
反射解像度: 2.3→44 Å / Num. obs: 19621 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.31→43.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1967 10 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.2041 ---
obs0.199 19621 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.4314 Å2 / ksol: 0.322238 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.43 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----20.55 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.36 Å / Luzzati sigma a free: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→43.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 15 152 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it13.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 292 10.2 %
Rwork0.336 2582 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.67
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.383 / Rfactor Rwork: 0.342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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