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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pza | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURES OF REDUCED PSEUDOAZURIN FROM ALCALIGENES FAECALIS S-6 AT TWO PH VALUES | ||||||
要素 | PSEUDOAZURIN | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSFER(CUPROPROTEIN) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Alcaligenes faecalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Petratos, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994 タイトル: The crystal structures of reduced pseudoazurin from Alcaligenes faecalis S-6 at two pH values. 著者: Vakoufari, E. / Wilson, K.S. / Petratos, K. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988 タイトル: Refinement of the Structure of Pseudoazurin from Alcaligenes Faecalis S-6 at 1.55 Angstroms Resolution 著者: Petratos, K. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE NINE-STRANDED SHEET DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS ...SHEET THE NINE-STRANDED SHEET DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND. STRAND 8 IS ADJACENT TO STRAND 9 (STRAND 1) BUT THERE ARE NO INTERSTRAND H-BONDS. THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pza.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pza.ent.gz | 25.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pza.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pza_validation.pdf.gz | 420.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pza_full_validation.pdf.gz | 422.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pza_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pza_validation.cif.gz | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pza | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 20 2: THE TERMINAL NZ ATOM OF LYS 109 WAS REFINED AT TWO POSITIONS (DENOTED AS A AND B) EACH OF WHICH WAS ASSIGNED OCCUPANCY COEFFICIENT = 0.50. 3: WATER MOLECULES WITH NUMBERS: 33, 37, 57, 91 AND 92 WERE REFINED WITH OCCUPANCY COEFFICIENT SET TO 0.50. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア) 参照: UniProt: P04377 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Petratos, K., (1987) FEBS Lett., 218, 209. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 12660 / Num. measured all: 67800 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SFALL/PROTIN/PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.178 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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