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- PDB-1pzc: APO-PSEUDOAZURIN (METAL FREE PROTEIN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzc
タイトルAPO-PSEUDOAZURIN (METAL FREE PROTEIN)
要素PSEUDOAZURIN
キーワードELECTRON TRANSFER (CUPROPROTEIN) / APOPROTEIN / METAL FREE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Petratos, K.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of apo-pseudoazurin from Alcaligenes faecalis S-6.
著者: Petratos, K. / Papadovasilaki, M. / Dauter, Z.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Refinement of the Structure of Pseudoazurin from Alcaligenes Faecalis S-6 at 1.55 Angstroms Resolution
著者: Petratos, K. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
履歴
登録1995年2月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PSEUDOAZURIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3841
ポリマ－13,3841
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.500, 49.500, 99.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 20 / 2: ATOM O HOH 136 WAS REFINED WITH OCCUPANCY SET TO 0.50. / 3: ATOM O HOH 137 WAS REFINED WITH OCCUPANCY SET TO 0.50.

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要素

#1: タンパク質 PSEUDOAZURIN


分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: APO FORM
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
株: S-6 / プラスミド: PUB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P04377
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細DE-METALLIZED CUPROPROTEIN WITH 100 MM KCN AT PH 6.7.
由来についての詳細MOLECULE_NAME: PSEUDOAZURIN. THE PSEUDOAZURIN GENE FROM A. FAECALIS (438 B.P.) WAS EXPRESSED UNDER ...MOLECULE_NAME: PSEUDOAZURIN. THE PSEUDOAZURIN GENE FROM A. FAECALIS (438 B.P.) WAS EXPRESSED UNDER THE CONTROL OF BOTH LAC AND TAC PROMOTERS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7
結晶化
*PLUS
pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Petratos, K., (1987) FEBS Lett., 218, 209.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 %protein 1drop
250 mM1dropCH3COONH4
31.5 Mammonium sulfate1drop
43.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.87 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年7月13日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11533 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 11516 / Num. measured all: 73694 / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
PROLSQ精密化
SFALL精密化
PROTIN精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.215 -
obs0.164 11516
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数927 0 0 137 1064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it2.163
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it7.828
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it11.2510
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONo_planar_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.1050.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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