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万見
- PDB-1pz4: The structural determination of an insect (mosquito) Sterol Carri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pz4
タイトルThe structural determination of an insect (mosquito) Sterol Carrier Protein-2 with a ligand bound C16 Fatty Acid at 1.35 A resolution
要素sterol carrier protein 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / alpha and beta
機能・相同性
機能・相同性情報


SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Sterol carrier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Dyer, D.H. / Lovell, S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Rayment, I. / Lan, Q.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Structural Determination of an Insect Sterol Carrier Protein-2 with a Ligand-bound C16 Fatty Acid at 1.35A Resolution
著者: Dyer, D.H. / Lovell, S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Rayment, I. / Lan, Q.
履歴
登録2003年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sterol carrier protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1122
ポリマ－12,8561
非ポリマー2561
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.300, 46.100, 70.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 sterol carrier protein 2


分子量: 12855.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q86PR3
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M sodium malonate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/ml1drop
22 M1reservoir
3100 mM1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: Bruker X1000 / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→100 Å / Num. all: 21157 / Num. obs: 21157 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル解像度: 1.35→1.41 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2383 / % possible all: 92
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 78412
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 % / Num. unique obs: 2383 / Num. measured obs: 5542

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解析

ソフトウェア
名称分類
smartデータ収集
SAINTデータ削減
EPMR位相決定
TNT精密化
SMARTデータ削減
SAINTデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2107 -random
Rwork0.187 ---
obs0.187 21157 97 %-
all-21157 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 18 88 996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.23
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d16.6
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.234
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg16.6
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.012
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.41 Å / Num. reflection Rfree: 2107 / Num. reflection Rwork: 19050 / Num. reflection obs: 21157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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