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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pz4 | ||||||
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タイトル | The structural determination of an insect (mosquito) Sterol Carrier Protein-2 with a ligand bound C16 Fatty Acid at 1.35 A resolution | ||||||
要素 | sterol carrier protein 2 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / alpha and beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lipid-binding protein POX18/UbiT/NSL-TP1 / SCP2 sterol-binding domain / SCP-2 sterol transfer family / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Aedes aegypti (ネッタイシマカ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Dyer, D.H. / Lovell, S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Rayment, I. / Lan, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: The Structural Determination of an Insect Sterol Carrier Protein-2 with a Ligand-bound C16 Fatty Acid at 1.35A Resolution 著者: Dyer, D.H. / Lovell, S. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Rayment, I. / Lan, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pz4.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pz4.ent.gz | 24.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pz4_validation.pdf.gz | 612.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pz4_full_validation.pdf.gz | 614.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pz4_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pz4_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/1pz4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12855.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q86PR3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PLM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.46 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2M sodium malonate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: Bruker X1000 / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→100 Å / Num. all: 21157 / Num. obs: 21157 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.41 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2383 / % possible all: 92 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97 % / Num. measured all: 78412 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.5 % / Num. unique obs: 2383 / Num. measured obs: 5542 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→100 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rwork: 0.184 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.35 Å / 最低解像度: 1.41 Å / Num. reflection Rfree: 2107 / Num. reflection Rwork: 19050 / Num. reflection obs: 21157 |