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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pyu | ||||||
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タイトル | Processed Aspartate Decarboxylase Mutant with Ser25 mutated to Cys | ||||||
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![]() | LYASE / Auto-processing / Aspartate Decarboxylase / pyruvoyl | ||||||
機能・相同性 | ![]() alanine biosynthetic process / aspartate 1-decarboxylase / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / protein autoprocessing / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Constraints on protein self-processing in L-aspartate-alpha-decarboxylase 著者: Schmitzberger, F. / Kilkenny, M.L. / Lobley, C.M.C. / Webb, M.E. / Vinkovic, M. / Matak-Vinkovic, D. / Witty, M. / Chirgadze, D.Y. / Smith, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. #1: ![]() タイトル: Purification and properties of L-Aspartate-alpha-decarboxylase, an enzyme that catalyzes the formation of beta-alanine in Escherichia coli 著者: Williamson, J.M. / Brown, G.M. #2: ![]() タイトル: Escherichia coli L-aspartate-alpha-decarboxylase: preprotein processing and observation of reaction intermediates by electrospray mass spectrometry 著者: Ramjee, M.K. / Genschel, U. / Abell, C. / Smith, A.G. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of aspartate decarboxylase at 2.2A resolution provides evidence for an ester in protein self-processing 著者: Albert, A. / Dhanaraj, V. / Genschel, U. / Khan, G. / Ramjee, M.K. / Pulido, R. / Sibanda, B.L. / von Delft, F. / Witty, M. / Blundell, T.L. / Smith, A.G. / Abell, C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The author states that this particulr protein self-processes in order to become ...SEQUENCE The author states that this particulr protein self-processes in order to become catalytically active forming two separate cleaved chains A,C and B,D. However, the two cleaved chains remain associated in the subunit. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the symmetry operation x, x-y, 1/6-z. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4770.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11043.412 Da / 分子数: 2 / Mutation: S25C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M citric acid, 1.6M ammonium sulphate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 19 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月10日 / 詳細: Osmic Confocal MaxFlux optic system |
放射 | モノクロメーター: osmium mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 26051 / Num. obs: 25322 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 28.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.011 / Num. unique all: 767 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 88.3 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 26469 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 29.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.3 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Mean I/σ(I) obs: 3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1aw8 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.067 / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.04 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.213 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 24377 / Rfactor Rfree: 0.195 / Rfactor Rwork: 0.174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.232 |