PDB-1pyl: Crystal structure of Ribonuclease Sa2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pyl

タイトル

Crystal structure of Ribonuclease Sa2

要素

ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / ALPHA-BETA STRUCTURE

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA endonuclease activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces aureofaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.507 Å

データ登録者

Sevcik, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystal structure reveals two alternative conformations in the active site of ribonuclease Sa2.
著者: Sevcik, J. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2003年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pyl.cif.gz	127.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pyl.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pyl_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pyl_full_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示
XML形式データ	1pyl_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	1pyl_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/1pyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1py3C 1rggS 1lni 1mgr 1mgw S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d4a-1 1wtq-d 6dxt-1 1l6v-d 1bnz-d 6xxr-2 6rcj-d 3d5g-1 6mke-4 5ilu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ribonuclease

B: ribonuclease

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ribonuclease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.980, 34.130, 72.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ribonuclease 分子量: 10909.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア) 株: R8-26 / プラスミド: pEH100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53752, EC: 3.1.4.8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: ammonium sulfate, phosphate buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 30643 / Num. obs: 30643 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / R_merge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Num. unique all: 1894 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RGG

1rgg

解像度: 1.507→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.165 / SU ML: 0.043 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1723	975	3.2 %	RANDOM
R_work	0.14933	-	-	-
all	0.15	-	-	-
obs	0.15009	29668	98.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.179 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.507→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3024	0	20	171	3215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.952	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.745	3	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.464	5	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	347
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.299	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.134	0.2	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.259	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.613	1.5	963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.653	2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.507	3	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.178	4.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.58	2	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	10.982	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.639	5	1576

LS精密化シェル

解像度: 1.507→1.546 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	69	-
R_work	0.247	1894	-
obs	-	1894	90.2 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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