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万見
- PDB-1pyi: CRYSTAL STRUCTURE OF A PPR1-DNA COMPLEX: DNA RECOGNITION BY PROTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PPR1-DNA COMPLEX: DNA RECOGNITION BY PROTEINS CONTAINING A ZN2CYS6 BINUCLEAR CLUSTER
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
  • PROTEIN (PYRIMIDINE PATHWAY REGULATOR 1)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / GAL4 / ZINC FINGER / ZN2CYS6 / BINUCLEAR CLUSTER / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of pyrimidine nucleotide biosynthetic process / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. ...: / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pyrimidine pathway regulatory protein 1 / Pyrimidine pathway regulatory protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Marmorstein, R. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a PPR1-DNA complex: DNA recognition by proteins containing a Zn2Cys6 binuclear cluster.
著者: Marmorstein, R. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: DNA Recognition by GAL4: Structure of a Protein-DNA Complex
著者: Marmorstein, R. / Carey, M. / Ptashne, M. / Harrison, S.C.
履歴
登録1995年1月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
A: PROTEIN (PYRIMIDINE PATHWAY REGULATOR 1)
B: PROTEIN (PYRIMIDINE PATHWAY REGULATOR 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7378
ポリマ－30,4754
非ポリマー2624
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.800, 92.600, 174.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 49 / 2: CIS PROLINE - PRO B 49

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (PYRIMIDINE PATHWAY REGULATOR 1)


分子量: 10956.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YSCPPR1 (ACCESSION X01739) / プラスミド: PRSETA / Cell (発現宿主): BL21 (PLYSS) / 遺伝子 (発現宿主): YSCPPR1 (ACCESSION X01739) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: PPR1_YEAST, UniProt: P07272*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.6 mMprotein dimer1drop
20.7 mMDNA duplex1drop
37 %PEG35001drop
41 %MPD1drop
587.5 mM1dropNaCl
662.5 mM1dropCaCl2
70.050 mMzinc acetate1drop
80.010 mMsodium cacodylate1droppH6.8
915 %PEG35001reservoir
102 %MPD1reservoir
11125 mM1reservoirCaCl2
120.100 mMzinc acetate1reservoir
1320 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.8

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データ収集

検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月9日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 7096 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射
*PLUS
Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア名称: XDS / 分類: データ削減
精密化解像度: 3.2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 -
obs0.245 35480
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1253 568 4 1 1826
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.245 / Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 29.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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