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- PDB-1py9: The crystal structure of an autoantigen in multiple sclerosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1py9
タイトルThe crystal structure of an autoantigen in multiple sclerosis
要素Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / myelin sheath / multiple sclerosis / receptor / immunoglobulin / anti-parallel dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


myelin sheath / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin-oligodendrocyte glycoprotein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Myelin-oligodendrocyte glycoprotein / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Clements, C.S. / Reid, H.H. / Beddoe, T. / Tynan, F.E. / Perugini, M.A. / Johns, T.G. / Bernard, C.C. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of myelin oligodendrocyte glycoprotein, a key autoantigen in multiple sclerosis
著者: Clements, C.S. / Reid, H.H. / Beddoe, T. / Tynan, F.E. / Perugini, M.A. / Johns, T.G. / Bernard, C.C. / Rossjohn, J.
履歴
登録2003年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年12月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4703
ポリマ－13,2781
非ポリマー1922
水3,873215
1
A: Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
ヘテロ分子

A: Myelin-oligodendrocyte glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9406
ポリマ－26,5562
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.720, 65.720, 67.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1183-

HOH

詳細monomer in the asymmtric unit. However a crystallographic, head-to-tail dimer is present

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要素

#1: タンパク質 Myelin-oligodendrocyte glycoprotein


分子量: 13277.826 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MOG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61885
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1300 mMimidazole in sodium phosphate/Tris1droppH8.0
250 mM1dropNaCl
35 mMTris1droppH8.0
41.3 mg/mlprotein1drop
514-18 %PEG40001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 13229 / Num. obs: 13229 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.246 / Rsym value: 0.018 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 99 % / Num. measured all: 33022 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: B7.2

解像度: 1.8→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1312 -random
Rwork0.201 ---
obs0.201 13229 99 %-
all-13229 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数934 0 10 215 1159
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.35
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONdihedral_angle_deg26.3
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONimproper_angle_deg0.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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