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万見
- PDB-1py2: Structure of a 60 nM Small Molecule Bound to a Hot Spot on IL-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1py2
タイトルStructure of a 60 nM Small Molecule Bound to a Hot Spot on IL-2
要素Interleukin-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-2 / interleukin 2 / small molecule / hot spot / molecular recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / Interleukin-2 signaling / kinase activator activity / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FRH / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Thanos, C.D. / Randal, M. / Wells, J.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Potent small-molecule binding to a dynamic hot spot on IL-2.
著者: Thanos, C.D. / Randal, M. / Wells, J.A.
履歴
登録2003年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-2
B: Interleukin-2
C: Interleukin-2
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,18611
ポリマ－61,3404
非ポリマー2,8467
水00
1
A: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9972
ポリマ－15,3351
非ポリマー6631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1284
ポリマ－15,3351
非ポリマー7933
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0633
ポリマ－15,3351
非ポリマー7282
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9972
ポリマ－15,3351
非ポリマー6631
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
C: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0633
ポリマ－15,3351
非ポリマー7282
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
B: Interleukin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1284
ポリマ－15,3351
非ポリマー7933
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.982, 52.448, 89.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-2 / IL-2 / T-cell growth factor / TCGF / Aldesleukin


分子量: 15334.876 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60568
#2: 化合物
ChemComp-FRH / 5-[2,3-DICHLORO-4-(5-{1-[2-(2-GUANIDINO-4-METHYL-PENTANOYLAMINO)-ACETYL]-PIPERIDIN-4-YL}-1-METHYL-1H-PYRAZOL-3-YL)-PHENOXYMETHYL]-FURAN-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 662.564 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H37Cl2N7O6
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.05 M Zinc Acetate, 0.075 M Magnesium Chloride, 18% (w/v) Polyethylene Glycol 10K, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 5.9. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
10.05 Mzinc acetate1reservoir
20.075 M1reservoirMgCl2
318 %(w/v)PEG100001reservoir
40.1 Msodium cacodylate1reservoirpH5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年1月24日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. all: 13660 / Num. obs: 15034 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 12442 / % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.108
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 22.885 / SU ML: 0.448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.508 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31961 640 4.9 %RANDOM
Rwork0.27105 ---
all0.273 13660 --
obs0.27343 12442 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.84 Å20 Å23.67 Å2
2---2.69 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3832 0 183 0 4015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2332.0345282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5565453
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1410.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1050.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8262.52328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50453734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6852.51563
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.16451548
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.394 40
Rwork0.34 891
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97130.9354-0.10344.48980.63984.15510.0899-0.00740.06130.2091-0.1130.4118-0.11-0.05540.0230.23540.00510.03770.27090.01670.380521.20370.41493.5042
21.83522.0791-0.15365.03570.32623.1125-0.04230.0830.1190.03010.11430.24290.0115-0.2705-0.0720.30870.0845-0.08770.3954-0.01920.293740.506139.447749.2625
32.27610.4284-2.38544.8402-1.74314.87150.09350.096-0.05130.21820.02020.2541-0.0685-0.3175-0.11360.2131-0.0320.00560.417-0.06080.378218.80665.344763.6622
40.8009-0.23760.31986.69073.45553.0796-0.0287-0.0801-0.04340.1366-0.24270.1782-0.1411-0.25030.27140.33360.0518-0.01910.46750.00210.2756-18.860317.870667.4941
59.6181-16.6677-1.2124-2.3279-16.044851.89420.2803-0.28240.32311.76140.2044-0.0621-1.45661.0697-0.48460.5317-0.2762-0.08490.2658-0.05190.55133.932611.44036.3478
648.0875-9.770332.53836.59020.213126.67690.7374-0.328-0.00290.47580.8077-1.9792-0.77790.3444-1.54510.4356-0.30130.00090.42320.02020.566753.922149.466547.8267
717.0267-15.31450.513811.7356-40.779660.3147-1.6975-2.5563-2.6549-0.90230.1819-0.05634.403-1.13961.51551.1887-0.2430.25660.66430.20151.290517.2698-11.533867.0197
827.449-19.590415.5985-11.153916.827832.9381-0.1891.6892-2.541-0.2509-1.02751.3713-0.54451.16891.21650.6-0.07580.20750.4455-0.06990.7374-16.18122.175762.6147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1326 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 1326 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3CC7 - 1317 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 1326 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5AH2011
6X-RAY DIFFRACTION6BI3011
7X-RAY DIFFRACTION7CJ4011
8X-RAY DIFFRACTION8DK5011
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.319 / Rfactor Rwork: 0.273
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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