[日本語] English
万見
- PDB-1pwa: Crystal structure of Fibroblast Growth Factor 19 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pwa
タイトルCrystal structure of Fibroblast Growth Factor 19
要素Fibroblast growth factor-19
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / BETA TREFOIL / DISULPHIDE BONDS / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling ...negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling / regulation of cell migration / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR4 signaling / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / cell differentiation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor 15/19/21 / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Harmer, N.J. / Pellegrini, L. / Chirgadze, D. / Fernandez-Recio, J. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of fibroblast growth factor (FGF) 19 reveals novel features of the FGF family and offers a structural basis for its unusual receptor affinity.
著者: Harmer, N.J. / Pellegrini, L. / Chirgadze, D. / Fernandez-Recio, J. / Blundell, T.L.
履歴
登録2003年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Data collection
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor-19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4274
ポリマ－18,1171
非ポリマー3103
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.573, 67.573, 193.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-239-

HOH

21A-304-

HOH

31A-362-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor-19 / FGF-19


分子量: 18116.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF19 / プラスミド: pGAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: O95750
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, potassium phosphate, magnesium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mMTris-HCl1drop
2200 mM1dropNaCl
312-14 %(w/w)PEG33501reservoir
40.25 M1reservoirMgSO4
50.1 Mpotassium phosphate1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rh coated silica / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→25 Å / Num. all: 42313 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.08 % / Biso Wilson estimate: 13.695 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 36.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.32 / Num. unique all: 2080 / Rsym value: 0.586 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 23.33 Å / Num. obs: 42303 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 4.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1JQZ, 2FGF, 1IJT, 1QQK, 1IHK

1jqz

2fgf

1ijt

1qqk

1ihk


解像度: 1.3→23.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / SU B: 0.508 / SU ML: 0.022 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 2058 -RANDOM
Rwork0.1798 ---
all0.1807 ---
obs0.1807 42303 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.373 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å2-0.17 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.046 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→23.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 0 19 267 1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4372.0031395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0532243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5245121
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2780.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2660.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3470.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2930.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2441.5629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9721024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2583403
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.554.5371
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.29121032
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.1082267
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.95421012
LS精密化 シェル解像度: 1.298→1.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 148 -
Rwork0.19 3054 -
obs-2906 100 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.195 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.44

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る