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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pvt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of sugar-phosphate aldolase from Thermotoga maritima | ||||||
![]() | sugar-phosphate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / Structural genomics / sugar-phosphate aldolase / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osipiuk, J. / Cuff, M.E. / Korolev, O. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of sugar-phosphate aldolase from Thermotoga maritima. 著者: Osipiuk, J. / Cuff, M.E. / Korolev, O. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27360.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM1072 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22513 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 59.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / % possible all: 39.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: residues A2X and A1X represent part of recombinant fusion protein, protein residues 231-236 are missing in the structure
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.339 Å2 / ksol: 0.385791 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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