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- PDB-1usp: Organic Hydroperoxide Resistance Protein from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1usp
タイトルOrganic Hydroperoxide Resistance Protein from Deinococcus radiodurans
要素(ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / 2-CYS PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oxidative stress
類似検索 - 分子機能
Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta ...Organic hydroperoxide resistance protein famiy / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / K homology (KH) domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Single Sheet / K homology domain-like, alpha/beta / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Organic hydroperoxide resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Meunier-Jamin, C. / Kapp, U. / Leonard, G. / McSweeney, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Structure of the Organic Hydroperoxide Resistance Protein from Deinococcus Radiodurans: Do Conformational Changes Facilitate Recycling of the Redox Disulfide?
著者: Meunier-Jamin, C. / Kapp, U. / Leonard, G. / Mcsweeney, S.
履歴
登録2003年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
B: ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8207
ポリマ－29,3602
非ポリマー4605
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.408, 56.600, 49.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.816, -0.565, 0.122), (-0.563, 0.729, -0.389), (0.131, -0.386, -0.913)
ベクター: 49.027, 22.631, 29.783)

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要素

#1: タンパク質 ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN


分子量: 14686.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RTA8
#2: タンパク質 ORGANIC HYDROPEROXIDE RESISTANCE PROTEIN


分子量: 14672.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
株: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RTA8
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: pH 7.20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.4 Å / Num. obs: 18043 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 23.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 62.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→49.4 Å / SU B: 3.5 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.14
詳細: IN BOTH MOLECULES MAKING UP THE HOMODIMER, ARG15 HAS BEEN AND MODELLED AS ALA, ALA16 AS GLY AND THE SIDE-CHAINS OF LYS70 GLU108 IN BOTH MOLECULES HAVE BEEN TRUNCATED AT THE CG ATOM. ...詳細: IN BOTH MOLECULES MAKING UP THE HOMODIMER, ARG15 HAS BEEN AND MODELLED AS ALA, ALA16 AS GLY AND THE SIDE-CHAINS OF LYS70 GLU108 IN BOTH MOLECULES HAVE BEEN TRUNCATED AT THE CG ATOM. ADDITIONALLY, THE SIDE-CHAINS OF ILE71A, ASP76A, GLU139A AND LYS87B HAVE BEEN TRUNCATED AT CB. ILE71B HAS BEEN TRUNCATED AT CG2, ARG107B AT CG. GLU69B HAS BEEN MODELLED AS ASN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 921 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 18043 91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.34 Å20 Å2-0.13 Å2
2---1.8 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1947 0 30 123 2100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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