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- PDB-1pvs: 3-methyladenine Glcosylase II(AlkA) Hypoxanthine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pvs
タイトル3-methyladenine Glcosylase II(AlkA) Hypoxanthine complex
要素DNA-3-methyladenine glycosylase II
キーワードHYDROLASE / AlkA / hypoxanthine / DNA glycosylase / DNA repair / reaction-product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex ...alkylated DNA binding / alkylbase DNA N-glycosylase activity / DNA-7-methyladenine glycosylase activity / DNA-3-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase II / DNA-7-methylguanine glycosylase activity / DNA-3-methyladenine glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA alkylation repair / protein-DNA complex / base-excision repair / DNA repair / DNA damage response / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 ...DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal / AlkA N-terminal domain / AlkA N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain / DNA-3-methyladenine glycosylase AlkA, N-terminal domain superfamily / Alkylbase DNA glycosidase, conserved site / Alkylbase DNA glycosidases alkA family signature. / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXY-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDINE / DNA-3-methyladenine glycosylase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Teale, M.
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2002
タイトル: 3-methyladenine-DNA glycosylase II: the crystal structure of an AlkA-hypoxanthine complex suggests the possibility of product inhibition.
著者: Teale, M. / Symersky, J. / DeLucas, L.
履歴
登録2003年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-3-methyladenine glycosylase II
B: DNA-3-methyladenine glycosylase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1234
ポリマ－62,8502
非ポリマー2722
水4,071226
1
A: DNA-3-methyladenine glycosylase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,4251
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-3-methyladenine glycosylase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5612
ポリマ－31,4251
非ポリマー1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.005, 75.979, 61.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA-3-methyladenine glycosylase II / 3-methyladenine-DNA glycosylase II / inducible / TAG II / DNA-3-methyladenine glycosidase II


分子量: 31425.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ALKA OR AIDA OR B2068 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04395, DNA-3-methyladenine glycosylase II
#2: 化合物 ChemComp-7HP / 7-HYDROXY-PYRAZOLO[4,3-D]PYRIMIDINE / 1H-ピラゾロ[4,3-d]ピリミジン-7-オ-ル


分子量: 136.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.39→19.77 Å / Num. all: 19046 / Num. obs: 19046 / Observed criterion σ(F): 2 / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Limit h max: 22 / Limit h min: -24 / Limit k max: 31 / Limit k min: -24 / Limit l max: 25 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 469940.18 / Observed criterion F min: 0.45

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1734 9.8 %random
Rwork0.232 ---
all-17875 --
obs-17875 90.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 20.6971 Å2 / ksol: 0.335713 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 44.42 Å2 / Biso mean: 14.63 Å2 / Biso min: 1.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.91 Å20 Å20.84 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3---1.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.2 Å
Luzzati d res high-2.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4430 0 20 226 4676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.27
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Num. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.512098.50.25319070.0172453211686.2
2.51-2.642419.80.24119800.0152456222190.4
2.64-2.82088.50.23520220.0162435223091.5
2.8-3.022068.40.24620610.0172439226792.9
3.02-3.3221990.25520650.0172438228493.7
3.32-3.7919780.22719130.0162466211085.6
3.79-4.752429.80.2120540.0142467229693.1
4.75-14.992128.50.2120050.0142502221788.6
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3hypo.paramhypo.top
X-RAY DIFFRACTION4water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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