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- PDB-1pvh: Crystal structure of leukemia inhibitory factor in complex with gp130 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pvh
タイトルCrystal structure of leukemia inhibitory factor in complex with gp130
要素
  • Interleukin-6 receptor beta chain
  • Leukemia inhibitory factor
キーワードsignaling protein/cytokine / cytokine / receptor / signaling / beta sheet / four helix bundle / signaling protein-cytokine COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / muscle organ morphogenesis / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway ...leukemia inhibitory factor receptor binding / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / interleukin-27 receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / muscle organ morphogenesis / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / negative regulation of hormone secretion / lung vasculature development / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / lung lobe morphogenesis / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of platelet aggregation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / Interleukin-6 signaling / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / MAPK3 (ERK1) activation / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / lung alveolus development / growth factor binding / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / cytokine binding / regulation of cell differentiation / protein tyrosine kinase activator activity / macrophage differentiation / decidualization / somatic stem cell population maintenance / blood vessel remodeling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuron development / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / embryo implantation / response to cytokine / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell morphogenesis / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Leukemia inhibitory factor / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Boulanger, M.J. / Bankovich, A.J. / Kortemme, T. / Baker, D. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2003
タイトル: Convergent mechanisms for recognition of divergent cytokines by the shared signaling receptor gp130.
著者: Boulanger, M.J. / Bankovich, A.J. / Kortemme, T. / Baker, D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2003年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6 receptor beta chain
B: Leukemia inhibitory factor
C: Interleukin-6 receptor beta chain
D: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6916
ポリマ－83,4374
非ポリマー2542
水3,459192
1
A: Interleukin-6 receptor beta chain
B: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8453
ポリマ－41,7192
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Interleukin-6 receptor beta chain
D: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8453
ポリマ－41,7192
非ポリマー1271
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.710, 86.700, 146.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 receptor beta chain / IL-6R-beta / Interleukin 6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / GP130 / Oncostatin M ...IL-6R-beta / Interleukin 6 signal transducer / Membrane glycoprotein 130 / GP130 / Oncostatin M receptor / CDw130 / CD130 antigen


分子量: 23069.916 Da / 分子数: 2 / 断片: domains D2 and D3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6ST
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40189
#2: タンパク質 Leukemia inhibitory factor / LIF / Differentiation-stimulating factor / D factor / Melanoma-derived LPL inhibitor / MLPLI


分子量: 18648.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIF OR HILDA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15018
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, Sodium iodide, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
28-10 %PEG33501reservoir
30.2 Msodium iodide1reservoir
40.1 Mimidazole1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 35908 / Num. obs: 32573 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 78.4
反射
*PLUS
Num. obs: 35908 / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 463823
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LIF - PDB ENTRY 1LKI, GP130 - PDB ENTRY 1I1R

1lki

1i1r


解像度: 2.5→39.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2616 8 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 32566 90.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.8599 Å2 / ksol: 0.316798 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.48 Å20 Å20 Å2
2--20.61 Å20 Å2
3----0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5832 0 2 192 6026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.472.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 379 8.2 %
Rwork0.366 4257 -
obs--79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.288
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.415 / Rfactor Rwork: 0.374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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