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- PDB-1pva: COMPARISON BETWEEN THE CRYSTAL AND THE SOLUTION STRUCTURES OF THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pva
タイトルCOMPARISON BETWEEN THE CRYSTAL AND THE SOLUTION STRUCTURES OF THE EF HAND PARVALBUMIN (ALPHA COMPONENT FROM PIKE MUSCLE)
要素PARVALBUMIN
キーワードCALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Esox lucius (ノーザンパイク)
手法X線回折 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Declercq, J.P. / Tinant, B. / Roquet, F. / Rambaud, J. / Parello, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparison between the Crystal and the Solution Structures of the EF Hand Parvalbumin (Alpha Component from Pike Muscle)
著者: Roquet, F. / Rambaud, J. / Declercq, J.P. / Tinant, B. / Baldellon, C. / Padilla, A. / Cave, A. / Parello, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Ionic Interactions with Parvalbumins. Crystal Structure Determination of Pike 4.10 Parvalbumin in Four Different Ionic Environments
著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Rambaud, J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Two-Dimensional 1H Nuclear Magnetic Resonance Study of Pike Pi 5.0 Parvalbumin (Esox Lucius): Sequential Resonance Assignments and Folding of the Polypeptide Chain
著者: Padilla, A. / Cave, A. / Parello, J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Crystal Structure Determination and Refinement of Pike 4.10 Parvalbumin (Minor Component from Esox Lucius)
著者: Declercq, J.P. / Tinant, B. / Parello, J. / Etienne, G. / Huber, R.
履歴
登録1995年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PARVALBUMIN
B: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8096
ポリマ－23,6492
非ポリマー1604
水3,099172
1
A: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9053
ポリマ－11,8241
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PARVALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9053
ポリマ－11,8241
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.700, 45.070, 81.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE FIRST 6 RESIDUES (RESIDUES ACE B 0 - LEU B 5) OF MOLECULE B IS POORLY DEFINED.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9804, -0.008, 0.1969), (-0.0032, 0.9997, 0.0246), (-0.197, 0.0235, -0.9801)
ベクター: 70.008, -1.853, 128.774)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 109 B 1 .. B 109 .696

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要素

#1: タンパク質 PARVALBUMIN


分子量: 11824.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Esox lucius (ノーザンパイク) / 参照: UniProt: P02628
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 25503 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.65→8 Å / σ(F): 4
詳細: THE ELECTRON DENSITY CORRESPONDING TO THE FIRST 6 RESIDUES (RESIDUES ACE B 0 - LEU B 5) OF MOLECULE B IS POORLY DEFINED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
obs0.196 22984 88 %
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 4 172 1844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.06
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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