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- PDB-1puy: 1.5 A resolution structure of a synthetic DNA hairpin with a stil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1puy
タイトル1.5 A resolution structure of a synthetic DNA hairpin with a stilbenediether linker
要素5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
キーワードDNA
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Egli, M. / Tereshko, V. / Murshudov, G. / Sanishvili, R. / Liu, X. / Lewis, F.D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Face-to-face and edge-to-face pi-pi interactions in a synthetic DNA hairpin with a stilbenediether linker
著者: Egli, M. / Tereshko, V. / Mushudov, G.N. / Sanishvili, R. / Liu, X. / Lewis, F.D.
履歴
登録2003年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1897
ポリマ－8,0682
非ポリマー1225
水3,063170
1
A: 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1074
ポリマ－4,0341
非ポリマー733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0823
ポリマ－4,0341
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.890, 41.860, 51.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*GP*(S02)P*CP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4033.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.3
詳細: MPD, magnesium chloride, cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.30
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2magnesium chloride11
3cacodylate11
4H2O11
5MPD12
6magnesium chloride12
7H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMDNA1dropSd2-linked
240 mM1dropMgCl2
38 %MPD1drop
440 mMsodium cacodylate1droppH6.
540 %1reservoir
61
71

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→14.95 Å / Num. obs: 10079 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 9590 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.539 Å / Num. unique obs: 637

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.13精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.355 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 489 4.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 9590 93.9 %-
all-9590 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å20 Å2
2--2.69 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 536 5 170 711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9872.09892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1352654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1410.255
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1590.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1010.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2323598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9544.5892
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.6532598
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.7942175
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.4062536
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 30
Rwork0.174 637
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07860.061-0.07480.3326-0.04460.1001-0.00280.0516-0.04280.05140.0041-0.02820.01880.03-0.00140.0991-0.0038-0.00820.0004-0.00430.07189.41242.13787.9253
2-0.05170.3557-0.63340.1413-0.53112.22580.0805-0.03510.02990.04230.04930.0526-0.06280.0688-0.12980.089800.01150.0134-0.00340.082522.79191.614420.0751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 141 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 141 - 13
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.275 / Rfactor Rwork: 0.176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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