ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 | RESOLVE | | モデル構築 | CNS | 1.1 | 精密化 | RESOLVE | | 位相決定 |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.262 | 1378 | 5 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.24 | - | - | - |
---|
obs | 0.241 | 27568 | 97.1 % | - |
---|
all | - | 28391 | - | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.0138 Å2 / ksol: 0.360582 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -6.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 4.53 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | 1.72 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.4 Å |
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.92 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 2613 | 0 | 30 | 200 | 2843 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.62 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.7 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.83 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.29 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.52 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.392 | 217 | 5 % |
---|
Rwork | 0.365 | 4121 | - |
---|
obs | - | - | 93.4 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
|
---|