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- PDB-1pug: Structure of E. coli Ybab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pug
タイトルStructure of E. coli Ybab
要素Hypothetical UPF0133 protein ybaB
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC T5 / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial nucleoid / response to radiation / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoid-associated protein YbaB-like domain / Nucleoid-associated protein YbaB/EbfC family / YbaB/EbfC DNA-binding family / Ybab; Chain: A; / Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoid-associated protein YbaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kniewel, R. / Buglino, J. / Chadna, T. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of E. coli Ybab
著者: Kniewel, R. / Buglino, J. / Chadna, T. / Lima, C.D.
履歴
登録2003年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42021年2月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0133 protein ybaB
B: Hypothetical UPF0133 protein ybaB
C: Hypothetical UPF0133 protein ybaB
D: Hypothetical UPF0133 protein ybaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1154
ポリマ－48,1154
非ポリマー00
水2,936163
1
A: Hypothetical UPF0133 protein ybaB
B: Hypothetical UPF0133 protein ybaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0582
ポリマ－24,0582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical UPF0133 protein ybaB
D: Hypothetical UPF0133 protein ybaB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0582
ポリマ－24,0582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.866, 84.236, 86.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
詳細APPARENT DIMER (A,B) AND (C,D) ALSO BY GEL FILTRATION

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical UPF0133 protein ybaB / Ybab / hypothetical protein ybaB


分子量: 12028.819 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YBAB / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P0A8B5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 1.9M Ammonium Sulfate 0.1MSodium HEPES pH 7.5 5% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月28日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 37158 / Num. obs: 36898 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 94.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 5.202 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28412 1177 4.9 %RANDOM
Rwork0.21211 ---
obs0.21584 22865 99.64 %-
all-22948 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.383 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.41 Å20 Å20 Å2
2---3.67 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 0 163 2655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0212502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4071.9753345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18735413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2225319
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2670.22754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.21644
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3240.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3690.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4140.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7761.51599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13422551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9663903
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8454.5794
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 92 5.7 %
Rwork0.237 1605 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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