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万見
- PDB-1pue: PU.1 ETS DOMAIN-DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pue
タイトルPU.1 ETS DOMAIN-DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATING-DNA) / ONCOGENE / TRANSFORMING PROTEIN / DNA- BINDING / ACTIVATOR / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / follicular B cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / germinal center B cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity ...positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / follicular B cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / germinal center B cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / myeloid leukocyte differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / granulocyte differentiation / lymphocyte differentiation / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / pericyte cell differentiation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / immature B cell differentiation / lymphoid progenitor cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / vasculature development / oncogene-induced cell senescence / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of B cell differentiation / NFAT protein binding / macrophage differentiation / somatic stem cell population maintenance / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein sequestering activity / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / erythrocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor PU.1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kodandapani, R. / Pio, F. / Ni, C.Z. / Piccialli, G. / Klemsz, M. / McKercher, S. / Maki, R.A. / Ely, K.R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: A new pattern for helix-turn-helix recognition revealed by the PU.1 ETS-domain-DNA complex.
著者: Kodandapani, R. / Pio, F. / Ni, C.Z. / Piccialli, G. / Klemsz, M. / McKercher, S. / Maki, R.A. / Ely, K.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: New Insights on DNA Recognition by ETS Proteins from the Crystal Structure of the PU.1 ETS Domain-DNA Complex
著者: Pio, F. / Kodandapani, R. / Ni, C.Z. / Shepard, W. / Klemsz, M. / McKercher, S.R. / Maki, R.A. / Ely, K.R.
履歴
登録1996年7月8日処理サイト: NDB
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')
E: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))
F: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8106
ポリマ－40,8106
非ポリマー00
水2,576143
1
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')
E: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4053
ポリマ－20,4053
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')
F: PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4053
ポリマ－20,4053
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.100, 101.900, 55.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5085.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4711.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR PU.1 (TF PU.1))


分子量: 10608.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17433
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP-VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 3% TO 10% PEG 600, 200 MM ZINC ACETATE HANGING DROP: 5 MICRO LITER OF 0.5MM COMPLEX(1:1 OF PROTEIN AND ...詳細: HANGING DROP-VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 3% TO 10% PEG 600, 200 MM ZINC ACETATE HANGING DROP: 5 MICRO LITER OF 0.5MM COMPLEX(1:1 OF PROTEIN AND DNA) + 5 MICRO LITER OF RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: unknown / 詳細: Pio, F., (1995) J.Biol.Chem., 270, 24258.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMsodium cacodylate11
23-10 %PEG60011
3200 mMzinc acetate11

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11301
21301
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンLURE D41A1
2
検出器
タイプID検出器日付
UCSD MARK III1AREA DETECTOR1994年1月21日
SDMS2AREA DETECTOR1994年4月4日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 -
Rwork0.225 -
obs0.225 22022
原子変位パラメータBiso mean: 31.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1485 1300 0 143 2928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31.6 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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