PDB-1pu8: Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (Ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pu8

タイトル

Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (MagIII) bound to 1,N6-ethenoadenine

要素

3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

キーワード

HYDROLASE / Helix-hairpin-helix / 3-Methyladenine / BASE EXCISION REPAIR / GLYCOSYLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of 3-methyladenine DNA glycosylase MagIII and the recognition of alkylated bases
著者: Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2003年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

Remark 999

SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE 1PU6 PDB AND IN THE DATABASE REFERENCE ARE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pu8.cif.gz	101.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pu8.ent.gz	79 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pu8_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pu8_full_validation.pdf.gz	474.5 KB	表示
XML形式データ	1pu8_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	1pu8_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pu6SC 1pu7C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pu7-1 1pu7-2 1u0s-d 3r0h-8 4dij-d 5xxk-d 1pu6-2 3v85-d 2het-3 3r0h-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.605, 44.399, 81.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE 分子量: 25218.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 13-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25323
#2: 化合物	ChemComp-EA1 / 3H-IMIDAZO[2,1-I]PURINE / 1,N6-ETHENOADENINE / 1,N⁶-エテノアデニン分子量: 159.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅N₅
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	4 mg/ml	protein	1	drop
2	2 %	MPD	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.542 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 28226 / Num. obs: 28226 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.13→2.23 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2783 / R_sym value: 0.369 / % possible all: 99.6
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.084
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.6 % / Num. unique obs: 2783 / R_merge(I) obs*: 0.369

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PU6

1pu6

解像度: 2.13→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 5.092 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.185
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22992	1434	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20228	-	-	-
all	0.20369	26792	-	-
obs	0.20369	26792	98.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3467	0	32	161	3660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.974	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.211	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.627	1.5	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.162	2	3415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.032	3	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.052	4.5	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.125→2.18 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.284	77
R_work	0.264	1524

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6111	-0.1287	-0.0702	1.7178	0.267	4.0394	-0.099	-0.1559	-0.1248	0.083	0.0621	-0.0835	0.155	0.3385	0.037	0.0949	0.0408	-0.0169	0.1116	-0.0066	0.1099	118.5179	18.9889	56.5131
2	1.5163	0.1522	0.4716	1.9506	0.6978	2.0552	0.0034	0.0943	-0.0851	-0.055	0.0556	-0.0878	0.0358	0.1153	-0.0589	0.104	-0.0097	0.0126	0.1188	0.0034	0.1034	109.7365	12.6494	35.0295
3	2.4036	-0.4711	0.1536	2.4202	0.1347	3.0448	-0.0596	-0.2075	-0.0456	0.2241	0.1013	-0.1483	0.0734	0.42	-0.0417	0.0691	0.0282	-0.0302	0.1706	-0.0125	0.0955	131.7845	41.2303	14.5073
4	0.9975	0.0598	0.0599	1.5633	0.5582	1.6818	0.0096	0.0211	-0.0234	-0.0721	0.0461	-0.0914	0.0164	0.0494	-0.0557	0.1008	-0.0048	0.0055	0.1242	0.0031	0.1363	120.4862	35.8708	-5.8712
5	0.0689	0.0126	-0.0781	0.0608	-0.1862	0.4372	-0.016	0.0339	-0.0234	0.0065	0.0084	-0.0209	0.0579	0.0147	0.0076	0.0399	-0.012	-0.005	0.0142	-0.0232	0.0583	115.7105	26.5796	18.9764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	145 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	983
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	219
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	145 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	25 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	983
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	220
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	301 - 459
12	X-RAY DIFFRACTION	5	B	303 - 461

精密化

*PLUS

最低解像度: 50 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.23 / R_factor R_work: 0.202

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.508

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関連情報:EMDBヘッダ

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