PDB-1pu1: Solution structure of the Hypothetical protein mth677 from Methan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pu1

タイトル

Solution structure of the Hypothetical protein mth677 from Methanothermobacter Thermautotrophicus

要素

Hypothetical protein MTH677

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha and beta protein (a+b)

機能・相同性

MTH677-like / Protein of unknown function DUF3194 / MTH677-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3194) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein MTH_677

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / distance geometry plus molecular mechanics

データ登録者

Blanco, F.J. / Yee, A. / Campos-Olivas, R. / Devos, D. / Valencia, A. / Arrowsmith, C.H. / Rico, M.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the hypothetical protein Mth677 from Methanobacterium thermoautotrophicum: A novel {alpha}+{beta} fold
著者: Blanco, F.J. / Yee, A. / Campos-Olivas, R. / Ortiz, A.R. / Devos, D. / Valencia, A. / Arrowsmith, C.H. / Rico, M.

履歴

登録	2003年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pu1.cif.gz	823.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pu1.ent.gz	695.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pu1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/1pu1	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2r2v-2 1wn0-1 5uzz-d 6x8n-1 4xno-d 1kis-d 4dzl-1 2akf-d 6w6x-1 6p39-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 57041H, 13C, and 15N assignment of mth677 protein from Methanobacterium Thermoautotrophicum

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein MTH677

10.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 34	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #22	lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical protein MTH677 分子量: 10534.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: mth677 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O26773

#1: タンパク質

Hypothetical protein MTH677

分子量: 10534.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mth677 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O26773

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	2	4D-13C-separated NOESY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	HNHB

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.2mM U-15N protein, 25mM sodium phosphate buffer pH 7.0, 450mM NaCl, 10mM DTT, 20uM ZnCl2, 1mM benzamidine, 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.0mM U-15N,13C protein, 25mM sodium phosphate buffer pH 7.0, 450mM NaCl, 10mM DTT, 20uM ZnCl2, 1mM benzamidine, 100% D2O	100% D2O

試料状態

pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
NMRPipe	2.2	Delaglio	解析
NMRView	4	Johnson	データ解析
CYANA	1.0.5	Guentert	構造決定
Amber	7	UCSF	精密化

精密化

手法: distance geometry plus molecular mechanics / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE derived distance constraints: 1020, Hydrogen bond constraints: 44, Angle constraints: 165

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 34 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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