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万見
- PDB-1prt: THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prt
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN
要素
  • PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)
  • PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)
  • PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)
  • PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
  • PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated activation of host MAPK cascade / symbiont-mediated activation of host G protein-coupled receptor signal transduction / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal ...Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Pertussis Toxin; Chain B, domain 1 / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / C-type lectin fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertussis toxin subunit 1 / Pertussis toxin subunit 2 / Pertussis toxin subunit 3 / Pertussis toxin subunit 5 / Pertussis toxin subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Stein, P.E. / Read, R.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: The crystal structure of pertussis toxin.
著者: Stein, P.E. / Boodhoo, A. / Armstrong, G.D. / Cockle, S.A. / Klein, M.H. / Read, R.J.
履歴
登録1993年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET STRAND 2 OF SHEET *B1B* ALSO MAKES HYDROGEN BONDS WITH STRAND 2 OF SHEET *B3B*. LIKEWISE ...SHEET STRAND 2 OF SHEET *B1B* ALSO MAKES HYDROGEN BONDS WITH STRAND 2 OF SHEET *B3B*. LIKEWISE STRAND 2 OF SHEET *B1H* MAKES HYDROGEN BONDS WITH STRAND 2 OF SHEET *B3H*. STRAND 2 OF SHEET *B1C* ALSO MAKES HYDROGEN BONDS WITH STRAND 2 OF SHEET *B3C*. LIKEWISE STRAND 2 OF SHEET *B1I* MAKES HYDROGEN BONDS WITH STRAND 2 OF SHEET *B3I*.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)
B: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)
C: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)
D: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
E: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
F: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)
G: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)
H: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)
I: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)
J: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
K: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
L: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,90812
ポリマ－208,90812
非ポリマー00
水00
1
A: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)
B: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)
C: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)
D: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
E: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
F: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4546
ポリマ－104,4546
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15110 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area35050 Å2
手法PISA
2
G: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)
H: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)
I: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)
J: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
K: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)
L: PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4546
ポリマ－104,4546
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15100 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area35110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.800, 98.200, 194.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 196 / 2: CIS PROLINE - PRO D 84 / 3: CIS PROLINE - PRO E 84 / 4: CIS PROLINE - PRO G 196 / 5: CIS PROLINE - PRO J 84 / 6: CIS PROLINE - PRO K 84
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9153, 0.3679, -0.163799), (0.3764, 0.6368, -0.673), (-0.1433, -0.677599, -0.7213)
ベクター: 18.363, 21.556, 61.904)
詳細EACH OF THE TWO HOLOTOXIN MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF SIX SUBUNITS AND THEY HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS A - F AND G - L, RESPECTIVELY. SUBUNIT S1 OF EACH MOLECULE (CHAINS A AND G) FORMS THE ENZYMATIC PART OF THE TOXIN. THE REMAINING FIVE SUBUNITS S2, S3, TWO COPIES OF S4, AND S5 (CHAINS B - F AND H - L) FORM THE CELL-BINDING PART OF THE TOXIN. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A - F WHEN APPLIED TO CHAINS G - L.

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要素

#1: タンパク質 PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S1)


分子量: 26133.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04977
#2: タンパク質 PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S2)


分子量: 21658.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04978
#3: タンパク質 PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S3)


分子量: 21622.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04979
#4: タンパク質
PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S4)


分子量: 12072.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P0A3R5
#5: タンパク質 PERTUSSIS TOXIN (SUBUNIT S5)


分子量: 10894.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 参照: UniProt: P04981
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 mMsodium potassium phosphate1reservoir
20.25 M1reservoirKCl
30.02 %1reservoirNaN3
40.3-0.5 M1reservoirKClprecipitant

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rwork: 0.195 / Rfactor obs: 0.195 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14504 0 0 0 14504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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