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万見
- PDB-1prn: REFINED STRUCTURE OF PORIN FROM RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA AND COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prn
タイトルREFINED STRUCTURE OF PORIN FROM RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA AND COMPARISON WITH THE PORIN FROM RHODOBACTER CAPSULATUS
要素PORIN
キーワードINTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rhodobacter blasticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kreusch, A. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Refined structure of the porin from Rhodopseudomonas blastica. Comparison with the porin from Rhodobacter capsulatus.
著者: Kreusch, A. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: The Structure of the Membrane Channel Porin from Rhodopseudomonas Blastica at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Kreusch, A. / Neubueser, A. / Schiltz, E. / Weckesser, J. / Schulz, G.E.
履歴
登録1994年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *S1* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A SIXTEEN-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A SEVENTEEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5284
ポリマ－30,6091
非ポリマー9193
水4,468248
1
A: PORIN
ヘテロ分子

A: PORIN
ヘテロ分子

A: PORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,58512
ポリマ－91,8273
非ポリマー2,7589
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area14530 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area35440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.300, 104.300, 124.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Atom site foot note1: RESIDUES ILE 139 - SER 140 HAVE WEAK DENSITY.
2: THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED FROM THE ELECTRON DENSITY AND HAS THEREFORE BEEN PRELIMINARILY MODELED AS N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE USED IN CRYSTALLIZATION.

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要素

#1: タンパク質 PORIN


分子量: 30608.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter blasticus (バクテリア)
参照: UniProt: P39767
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED FROM THE ELECTRON DENSITY AND HAS ...THE STRUCTURE OF THE DETERGENT MOLECULES COULD NOT BE IDENTIFIED FROM THE ELECTRON DENSITY AND HAS THEREFORE BEEN PRELIMINARILY MODELED AS N-OCTYLTETRAOXYETHYLENE USED IN CRYSTALLIZATION.
配列の詳細THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN THE JRNL ARTICLE AND IN REFERENCE 1 ABOVE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.13 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3300 mM1dropLiCl
40.6 %(w/v)n-octyltetraoxyethylene1drop
53 mM1dropNaN3
610-18 %PEG6001drop
730-38 %(w/v)PEG6001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.96 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 35847 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 291952 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.96 Å / 最低解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.96→10 Å / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUES ILE 139 - SER 140 HAVE WEAK DENSITY. /
Rfactor反射数
Rwork0.176 -
obs0.176 35620
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2164 0 63 248 2475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 35620 / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d2.91.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d1.21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.127.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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