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万見
- PDB-1prc: CRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION AND REFIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prc
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC REFINEMENT AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION AND REFINED MODEL OF THE PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOPSEUDOMONAS VIRIDIS
要素(PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 4
キーワードPHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / HEME C / MENAQUINONE-7 / 15-trans-1,2-dihydroneurosporene / UBIQUINONE-1 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Crystallographic refinement at 2.3 A resolution and refined model of the photosynthetic reaction centre from Rhodopseudomonas viridis.
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Sinning, I. / Michel, H.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: The Photosynthetic Reaction Center from the Purple Bacterium Rhodopseudomonas Viridis
著者: Deisenhofer, J. / Michel, H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: Structure of the Protein Subunits in the Photosynthetic Reaction Centre of Rhodopseudomonas Viridis at 3 Angstroms Resolution
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: X-Ray Structure Analysis of a Membrane Protein Complex. Electron Density Map at 3 Angstroms Resolution and a Model of the Chromophores of the Photosynthetic Reaction Center from Rhodopseudomonas Viridis
著者: Deisenhofer, J. / Epp, O. / Miki, K. / Huber, R. / Michel, H.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Three-Dimensional Crystals of a Membrane Protein Complex. The Photosynthetic Reaction Centre from Rhodopseudomonas Viridis
著者: Michel, H.
履歴
登録1988年2月4日処理サイト: BNL
改定 1.01989年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年8月13日Group: Other
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,92327
ポリマ－132,4104
非ポリマー10,51423
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49040 Å2
ΔGint-436 kcal/mol
Surface area42370 Å2
手法PISA
2
C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
ヘテロ分子

C: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
L: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
M: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
H: PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,84654
ポリマ－264,8198
非ポリマー21,02746
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area100520 Å2
ΔGint-932 kcal/mol
Surface area82680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.500, 223.500, 113.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: RESIDUES PRO C 6, PRO C 153, PRO C 330, PRO M 48, PRO H 42, AND PRO H 79 ARE CIS PROLINES.
2: SEE REMARK 4.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-623-

SO4

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要素

-
PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 4種, 4分子 CLMH

#1: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 37450.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア)
参照: UniProt: P07173
#2: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア)
参照: UniProt: P06009
#3: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア)
参照: UniProt: P06010
#4: タンパク質 PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blastochloris viridis (バクテリア)
参照: UniProt: P06008

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非ポリマー , 10種, 224分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#7: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#8: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4
#9: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#10: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7


分子量: 648.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2
#12: 化合物 ChemComp-NS1 / 15-trans-1,2-dihydroneurosporene


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#13: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.04 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Michel, H., (1982) J.Mol.Biol., 158, 567.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.5 Mammonium sulfate1drop
23/2.6/2.4 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 95762 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % possible obs: 49.2 %

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.3→19.99 Å /
Rfactor反射数
obs0.193 95762
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9347 0 740 201 10288
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 22.5 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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